Grundlaget for beregning af den såkaldte importmoms er varernes toldværdi og andre afgifter, der er foranlediget af indførslen, bortset fra selve importmomsen. Tolden skal således altid medregnes i grundlaget. Punktafgifter indgår kun i det omfang, de efter den pågældende afgiftslov skal betales ved indførslen. I de fleste tilfælde vil fakturaværdien blive lagt til grund ved fastsættelse af toldværdien.

Fra 1. januar 1996 skal der også beregnes moms af de forsendelses- og forsikringsomkostninger mv., der påløber indtil varernes bestemmelsessted i EU, når dette sted er kendt på det tidspunkt, hvor momspligten indtræder, dvs. på  fortoldningstidspunktet, jf. lov nr. 1097 af 20. december 1995 om ændring af momsloven og toldloven. Tidligere skulle den importerende virksomhed kun beregne moms af de forsendelses- og forsikringsomkostninger, der påløb indtil varernes første bestemmelsessted her i landet.

Særlige ordninger For varer, der er omfattet af EU's markedsordninger for landbrugsvarer, frugt- og gartneriprodukter mv., og som ved indførslen lægges på oplag for landbrugsvarer, beregnes momsen på grundlag af toldværdien tillagt eventuel told. Når varerne første gang fraføres oplaget mod betaling af landbrugselement og af udlignings- og tillægsafgift, beregnes momsen kun af de nævnte afgifter.

Ved indførsel af landbrugsvarer i andre tilfælde beregnes momsen på grundlag af toldværdien tillagt eventuel told.