Efter VSL § 2, stk. 1, er det en betingelse for at anvende virksomhedsordningen, at der udarbejdes et regnskab for virksomheden, som opfylder bogføringslovens krav, se herom i E.B.1. Bogføringen skal tilrettelægges således, at der regnskabsmæssigt sker en opdeling af den skattepligtiges samlede økonomi i en virksomhedsøkonomi (virksomhedsordningen) og en privatøkonomi. Dette indebærer blandt andet, at bogføringen skal give en klar og overskuelig redegørelse for virksomhedens forretninger og formueforhold.

Manglende opfyldelse af formelle krav i bogføringsloven og bekendtgørelse nr. 1068 af 17. december 1999 om skattemæssige krav til regnskabet (mindstekravsbekendtgørelsen) medfører ikke i sig selv, at regnskabet tilsidesættes. For at anvendelsen af virksomhedsordningen kan tilsidesættes med baggrund i regnskabskravene, skal en eventuel mangel ved regnskabet være af en sådan betydning, at regnskabet må anses for at give et misvisende billede af virksomhedens økonomiske forhold, herunder af adskillelsen mellem virksomhedens økonomi over for den private økonomi.

Den regnskabsmæssige opdeling i en virksomhedsøkonomi og en privatøkonomi er en nødvendig betingelse for, at virksomhedsordningen kan anvendes, fordi skatteberegning efter reglerne herom i modsat fald ikke ville være muligt.

I TfS 1998, 719 LSR blev regnskabskravene anset for opfyldt for så vidt angår en udlejningsvirksomhed uanset, at der ikke løbende var foretaget nogen bogføring. Landsskatteretten henså herved blandt andet til, at der efterfølgende var sket en adskillelse af virksomhedens økonomi og privatøkonomien, at de regnskabsmæssige forhold for udlejningsvirksomhed måtte anses for så simple og enkle, og at det ikke havde været nødvendigt  at foretage en en løbende bogføring. Endvidere henså Landsskatteretten til, at myndighederne for et andet indkomstår havde kunnet godkende anvendelsen af virksomhedsordningen uanset, at regnskabsgrundlaget for dette år efter det oplyste var af samme beskaffenhed som regnskabsgrundlagene for de omstridte år.

Efter VSL § 2, stk. 7, kan skatteministeren fastsætte nærmere regler om det regnskab, som den skattepligtige skal udarbejde for virksomheden, herunder om den form, oplysningerne til brug for selvangivelsen skal afleveres i, jf. mindstekravsbekendtgørelsen, senest ændret ved bekendtgørelse nr. 1068 af 17. december 1999 om skattemæssige krav til regnskabet.

Når en skattepligtig indtræder i virksomhedsordningen, skal der bogholderimæssigt foretages en opgørelse af de aktiver og passiver, der skal indgå i erhvervsvirksomheden (indskudskontoen).

Bogføringen skal omfatte alle transaktioner mellem virksomheden og »omverdenen«, herunder med den skattepligtiges privatøkonomi. Når der i det følgende tales om, at et aktiv eller passiv indgår i virksomheden eller i virksomhedsordningen, betyder det alene, at aktivet eller passivet bogholderimæssigt anses for at tilhøre virksomheden. Indtægter og udgifter i tilknytning til de aktiver og passiver, der indgår i virksomheden, er ligeledes transaktioner med »omverdenen«, som omfattes af virksomhedens bogføring. Alle indtægter og udgifter, som følger af skatteyderens selvstændige erhvervsvirksomhed, skal således bogholderimæssigt være indtægter og udgifter for virksomheden.

Overførsler af værdier fra den erhvervsdrivende til virksomheden (indskud) og fra virksomheden til den erhvervsdrivende (hævninger) skal bogføres særskilt for hver post med virkning fra det tidspunkt, hvor overførslen finder sted, jf. VSL § 2, stk. 5.

Kravet om, at samtlige overførsler mellem virksomheden og privatøkonomien bogføres særskilt, indebærer ikke, at den skattepligtige på overførselstidspunktet skal tage stilling til, om beløbet skal anses som en hævning af optjent overskud eller som en overførsel fra mellemregningskontoen, hvis den skattepligtige fører en sådan. De foretagne overførsler kan fordeles mellem hævekontoen og mellemregningskontoen efter indkomstårets udløb.

Af praktiske grunde kan overførsler i form af privat anvendelse af f.eks. virksomhedens bil, telefon m.v., bogføres på mellemregningskontoen ultimo året.

Overførsel af biler, der benyttes til både erhvervsmæssige og private formål, skal bogføres med virkning fra starten af indkomståret, mens overførsel af finansielle aktiver og passiver, indskud og overførsler efter VSL § 5, der kan foretages inden fristen for indgivelse af selvangivelse, skal bogføres med virkning fra indkomstårets udløb, jf. VSL § 2, stk. 6. Se SKM2001.327.LSR, hvor en skatteyder efterfølgende havde anmodet om tilladelse til at udtage bilen af virksomhedsordningen. Landsskatteretten udtalte, at den ønskede disposition efter VSL  2, stk. 6, skulle være bogført med virkning fra starten af året, og hævningerne skulle i henhold til VSL §§ 5 og 10, stk. 1, ske på tidspunktet for fristen for indgivelsen af selvangivelsen.

Efter skattestyrelseslovens § 37 D (indsat ved lov nr. 410 af d.2.juni 2003) har den skattepligtige mulighed for at ændre et valg i selvangivelsen, hvis skattemyndighederne foretager en ansættelse, der har betydning for valget, og valget som følge heraf har fået utilsigtede skattemæssige virkninger. Bestemmelsen kan dog ikke anvendes, hvis materielle regler i anden lovgivning forhindrer et ændret valg. Det er en betingelse for tilladelse til ændring, at det tidligere trufne valg som følge af myndighedernes korrektion eller ændring af skatteansættelsen ikke har de skattemæssige virkninger, der var forudsat, da valget blev truffet, og den skattepligtige kan godtgøre, at det vil have økonomiske konsekvenser, hvis valget opretholdes. Det fremgår af bemærkningerne til lovforslaget, at bestemmelsen eksempelvis vil kunne anvendes, hvis skattemyndighederne, i modsætning til den skattepligtige finder, at en bil placeret i virksomhedsskatteordningen udelukkende er benyttet privat. Den skattepligtige kan herefter på baggrund af myndighedernes ansættelse ændre sit oprindelige valg, således at bilen placeres uden for virksomhedsordningen. Anmodning om tilladelse til ændring af valget skal fremsættes inden 6 måneder efter, at den skattepligtige er kommet til kundskab om den skatteansættelse, der begrunder anmodningen, skattestyrelseslovens § 37 D, stk.2. Reglen gælder for anmodninger, der fremsættes fra og med d.12.marts 2003.►Se SKM2004.41.LR og SKM2004.79.LR, hvor Ligningsrådet gav tilladelse til efterfølgende at udtage en blandet benyttet bil af virksomhedsordningen, da dispositionen var omfattet af skattestyrelseslovens § 37 D.◄

Hvis den erhvervsdrivende fører en mellemregningskonto, som nævnt i VSL § 4 a, skal bevægelserne på denne konto bogføres særskilt for hver post, og kontoens udvisende ved regnskabsårets udløb skal oplyses særskilt, jf. § 20, stk. 2, og § 21, stk. 1, i mindstekravsbekendtgørelsen.

Når en erhvervsdrivende vil anvende virksomhedsordningen, skal indskudskonto og kapitalafkastgrundlag specificeres ved indgivelse af selvangivelsen for det pågældende år.

Der kræves særskilt oplysning om:

1. Summen af renteindtægter og renteudgifter, der er forfaldne i regnskabsåret, og periodiseringsposter ved regnskabsårets begyndelse og slutning.
2. Indkomstårets reguleringer af og saldi ved regnskabsårets udløb på indskudskonto og konto for opsparet overskud.
3. Beløb, der ved regnskabsårets udløb er hensat til senere hævninger.
4. Summen af samtlige indskud og summen af samtlige hævninger.
5. Art og værdiansættelse af indskud og hævninger, der ikke er kontante beløb.
6. Kapitalafkastgrundlag ved årets begyndelse, som efter indtrædelsesårets udløb dog kan opgøres med udgangspunkt i virksomhedens egenkapital.
7. Beregningen og størrelsen af kapitalafkast.
8. Beregningen og størrelsen af eventuelle rentekorrektioner.

Kravet om beregning af størrelsen af rentekorrektioner indebærer, at den erhvervsdrivende ved beregning af rentekorrektion efter VSL § 11, udover de ovennævnte oplysninger skal afgive oplysninger om størrelsen af indskudskontoen ved regnskabsårets begyndelse, kapitalafkastgrundlaget ved regnskabsårets udløb samt nettorenteudgiften, reguleret som anført i den nævnte bestemmelse.

For erhvervsdrivende, der driver flere virksomheder, skal alle virksomhederne behandles som én virksomhed, jf. VSL § 2, stk. 3, som er behandlet i E.G.2.2.3.