Hvad angår betaling af skat af den relevante del af CFC-datterselskabets indkomst, sker denne alene i moderselskabet, idet CFC-beskatningen er regulering af moderselskabets skattepligtige indkomst. Der opgøres ikke en sambeskatningsindkomst.
Hvis betingelserne for CFC-beskatning er opfyldt, skal moderselskabet medregne den del af datterselskabets CFC-indkomst, der svarer til den gennemsnitlige andel af datterselskabets samlede aktiekapital, som moderselskabet har ejet i indkomståret. Der medregnes dog kun indkomst optjent af datterselskabet i den del af moderselskabets indkomstår, hvor moderselskabet har kontrol over eller væsentlig indflydelse på datterselskabet.

Det er kun den ovenfor beskrevne andel af datterselskabets CFC-indkomst, der medregnes ved moderselskabets indkomstopgørelse. Eventuelle underskud i datterselskabet kan ikke overføres til moderselskabet. Et sådant underskud kan alene fremføres til fradrag i indkomst optjent af samme selskab, jf. SEL § 32, stk. 4., sidste pkt.
Andelsbeskattede foreningerFor andelsbeskattede foreninger, dvs. andelsforeninger omfattet af SEL § 1, stk. 1, nr. 3, gælder det, at CFC-skattepligtig indkomst beskattes med den almindelige selskabsskattesats, jf. SEL § 19, stk. 1. Denne bestemmelse har til formål at hindre de utilsigtede virkninger, der kan opstå, ved at en andelsforening indskyder et normalbeskattet selskab mellem sig selv og et udenlandsk finansielt lavskatteselskab, jf. følgende eksempel:

Eksempel
Andelsforeningen A ejer 100 pct. af aktierne i selskabet S. Samtidig ejer A 100 pct. af aktierne i det udenlandske lavskatteselskab U, som er oprettet som en koncernintern bank. Selskabet S betaler renter til selskabet U, hvilket giver fradrag i Danmark. Overskuddet i U er CFC-skattepligtig indkomst for andelsforeningen A, da A er moderselskab for U, men da A efter de særlige regler om andelsbeskatning alene beskattes på grundlag af sin formue, ville der uden bestemmelsen i SEL § 19, stk. 1, 2. pkt., alligevel ikke blive tale om betaling af CFC-skat. Bestemmelsen medfører således, at CFC-skatten skal betales af andelsforeningen.
Til gengæld medregnes den del af andelsforeningens formue, der består af aktier i udenlandske CFC-selskaber, ikke ved opgørelsen af den indkomst, som undergives andelsbeskatning. Dette gælder såvel for de aktier, som andelsforeningen direkte ejer, som for de aktier, andelsforeningen indirekte ejer.

Regnskaber m.v. Skatterådet kan i medfør af SEL § 32, stk. 11, fastsætte bestemmelser om udfærdigelse af regnskab for udenlandske selskaber. I SKM2002.628.LR har Ligningsrådet udtalt, at det er Ligningsrådets opfattelse, at det klart er forudsat ved vedtagelsen af SEL § 32, stk. 11, at de eksisterende regler om valutakursomregning ved frivillig sambeskatning også skal gælde for selskaber under CFC-beskatning, så længe Ligningsrådet ikke har fastsat andet.