Skatteministeren har i bekendtgørelse nr. 976 af 17. oktober 2005 fastsat, at SKAT, der blev oprettet den 1. november 2005, varetager de opgaver, der ved SFL § 1 er tillagt told- og skatteforvaltningen.

Organisation SKAT er organiseret som en landsdækkende enhedsforvaltning, der består af følgende enheder: Hovedcentret, incl. projektenheden - 30 skattecentre opdelt på 5 skattesamarbejder - Store selskaber, kontrol - Store selskaber, service - Betalingscenter - Kundecenter - Inddrivelsescenter - IT Services.

Endvidere er følgende særligt udskilte enheder en del af SKAT med direkte reference til SKATs direktør: Intern Revision - Ankenævnsekretariater - Spillemyndigheden - Retssikkerhedschefen.

Derimod er Skatteministeriets departement, Skatterådet, Landsskatteretten, skatteankenævnene, vurderingsankenævnene og Spillenævnet ikke en del af SKAT. 

Opgaver SKAT varetager forvaltningen af lovgivning om skatter og lov om vurdering af landets faste ejendomme, jf. SFL § 1, hvilket især vil sige foretagelse af ansættelser, opkrævning, kontrol og besvarelse af forespørgsler, herunder bindende svar.

SFL § 1 omfatter ikke kun indkomstskat, herunder dødsboskat og ejendomsværdiskat, men også gaveafgift, moms, punktafgifter, told, arbejdsmarkedsbidrag, kirkeskat, afgift efter pensionsbeskatningsloven og lignende retlige ydelser til det offentlige. På specielle områder forvaltes skattelove dog af andre myndigheder, f.eks. hører retsafgiftloven under justitsministeren.

Forvaltningen af lovgivningen om enhver form for skat til det offentlige, jf. anvendelsen af begrebet skat i grundlovens § 43, er således samlet hos SKAT.

SKAT vurderer tillige landets faste ejendomme efter reglerne i vurderingsloven. SKAT kan foretage fornøden besigtigelse af en ejendom i forbindelse med vurderingen af ejendommen.

Særligt om tilsyn Det tidligere tilsyn med de kommunale skatteforvaltninger er bortfaldet i og med, at SKAT nu er en enhedsorganisation. Der vil stadig blive udøvet et generelt tilsyn i form af udarbejdelse af lignings- og kontrolplaner samt meddelelser om fortolkninger m.v. Det tidligere tilsyn med skatte- og vurderingsankenævnenes afgørelser er opretholdt, idet SKAT i henhold til SFL § 2, stk. 3, kan indstille til Skatterådet, at en åbenbart ulovlig afgørelse bliver ændret. Tidligere var kriteriet, at en urigtig afgørelse kunne ændres.

Der er endvidere med etableringen af SKAT sket den ændring, at det hidtidige tilsyn med skatte- og vurderingsankenævnenes virksomhed reduceret til et rent passivt tilsyn. Dette indebærer, at SKAT alene skal reagere, hvis SKAT eller Skatterådet bliver opmærksom på, at et skatteankenævn eller vurderingsankenævn har truffet en åbenbart ulovlig afgørelse, fx ved at et nævnsmedlem henleder SKATs eller Skatterådets opmærksomhed herpå, eller ved at en medarbejder i nævnssekretariatet gør opmærksom herpå.

En betingelse for at ændre en skatteankenævnsafgørelse er, at der senest 3 måneder efter ankenævnets afgørelse er sket underretning til den skattepligtige om, at afgørelsen er udtaget til ændring. Denne betingelse fremgår af SFL § 27, stk. 1, nr. 6, der ganske vist omhandler ændringer efter udløbet af den ordinære ansættelsesfrist i SFL § 26, men det fremgår af forarbejderne, at nævnte 3-måneders frist også gælder ved ændringer indenfor den ordinære ansættelsesfrist. Hvis initiativet til at foreslå en ankenævnsafgørelse ændret kommer fra forvaltningen, bør nævnte underretning til den skattepligtige foretages samtidig med, at den lokale enhed sender sagen til behandling i Skatterådet. Hvis Skatterådet har modtaget sagen fra et nævnsmedlem i henhold til SFL § 7, stk. 5, skal nævnte underretning til den skattepligtige foretages af Skatterådets sekretariat. Endvidere bemærkes, at hvis der ikke er udsendt agterskrivelse om ændring inden udløbet af den ordinære ansættelsesfrist, gælder fristreglerne om ekstraordinær ansættelse, herunder 6-måneders reaktionsfristen i SFL § 27, stk. 2, jf. nærmere herom under G.1.1.2.

Sekretariatsbistand til skatte-, vurderings- og motorankenævnene  Efter SFL § 7, stk. 8, og § 10, stk. 6, samt lov om registreringsafgift af motorkøretøjer § 12, stk. 9, stiller SKAT sekretariatsbistand til rådighed for henholdsvis skatte- og vurderingsankenævnene. Sekretariatet skal være organisatorisk adskilt fra SKATs øvrige forvaltning. Dette krav er opfyldt ved etablering af en ankenævnsenhed, hvor lederen refererer direkte til SKATs direktør.