Styrelsen har i TfS 1998, 772, truffet afgørelse om, at rederier, som modtager fakturaer med moms, som efter momslovens § 34, stk. 1, nr. 7 eller 9 retteligt burde være eksklusive moms, ikke kan fradrage momsen. Afgørelsen har virkning fra 1. januar 1999.

Styrelsen har i TfS, 1998, 798, truffet afgørelse om, at en virksomhed, som modtog en faktura inklusive dansk moms, ikke var berettiget til at fratrække momsbeløbet på momsangivelsen. Det omhandlede momsbeløb var anført i strid med momslovens daværende § 16 (nu § 17) (ydelser vedrørende fast ejendom). Der er således ikke fradragsret for momsbeløb, som er påført en faktura i strid med momslovens regler herom. Afgørelsen har virkning fra 1. januar 1999.

I SKM2003.497.LSR har Landsskatteretten truffet afgørelse om, at et dansk selskab ikke var berettiget til fradrag for moms af monteringsydelser leveret af en dansk underleverandør. Da underleverandørens monteringsydelser blev præsteret i Sverige var leveringsstedet ikke i Danmark, jf. momslovens § 18, stk. 1, nr. 3 (tidligere § 17, stk. 1, nr. 3) og det var derfor med urette, at fakturaen var pålagt dansk moms. Se også afsnit E.3.4.3 og E.3.4.4.

Landsskatteretten bemærkede, at EF-domstolen i sagen C-342/87 Genius Holding har udtalt, at udøvelsen af den fradragsret, der er fastsat i 6. momsdirektiv, ikke omfatter den afgift, der udelukkende skyldes, fordi den er anført på fakturaen.

Sagen Genius Holding vedrører fortolkningen af artikel 17, stk. 2, litra a, i 6. momsdirektiv (nu Momssystemdirektivets artikel 168, litra a), hvorefter den afgiftspligtige er berettiget til i den moms der påhviler ham, at fradrage "den merværdiafgift, som skyldes eller er erlagt for goder, der er eller vil blive udført for ham af en anden afgiftspligtig person".

Der var i sagen rejst spørgsmål om, hvorvidt fradragsretten omfatter den moms, der udelukkende skyldes, fordi den er anført på fakturaen, dvs. i strid med gældende lovbestemmelser.

EF-domstolen bestemte, at fradragsretten er udelukket for enhver afgift, som ikke svarer til en bestemt transaktion, enten fordi denne afgift er højere end den, der skyldes efter loven, eller fordi den pågældende transaktion ikke er momsbelagt.

Denne fortolkning af artikel 17, stk. 2, litra a, er den, som giver bedst mulighed for at forhindre afgiftssvig, som ville blive gjort lettere, såfremt hele den fakturerede afgift kunne fradrages.

Af hensyn til princippet om momsens neutralitet, bemærkede EF-domstolen, at for at sikre gennemførelsen af dette princip påhviler det medlemsstaterne i deres interne retsorden at give mulighed for berigtigelse af enhver urigtigt faktureret afgift, når udstederen af fakturaen beviser sin gode tro.

Der er således mulighed for, at parterne indbyrdes kan berigtige fejlen, hvis der er opkrævet moms af leverancer, som retteligt burde være eksklusive moms.

EF-domstolen har i sag C-35/05, Reemtsma Cigarettenfabriken Gmbh, fastslået, at principperne for fradragsretten som fastslået i sagen Genius Holding også finder anvendelse i tilfælde af tilbagebetaling af moms til momspligtige personer, som ikke er etableret i indlandet efter reglerne i 8. momsdirektiv. Se K.1.1. Domstolen fastslog endvidere, at principperne om neutralitet, effektivitet og ligebehandling er ikke til hinder for en national lovning som den i hovedsagen omhandlede, hvorefter alene leverandøren kan anmode om tilbagebetaling af beløb, som er betalt med urette i form af merværdiafgift til skattemyndighederne, og hvorefter aftageren af tjenesteydelserne kan fremsætte et civilretligt krav om tilbagesøgning af fejlagtigt betalte beløb over for leverandøren. Medlemsstaterne skal dog i de tilfælde, hvor tilbagebetaling af merværdiafgiften bliver umulig eller uforholdsmæssigt vanskelig, indføre de instrumenter, som er nødvendige for, at nævnte aftager kan få tilbagebetalt den fejlagtigt fakturerede afgift, for således at overholde effektivitetsprincippet.