Bestemmelserne i § 39, stk. 1-4, omhandler, som ovenfor nævnt, den situation, at lokalerne bruges til momspligtig virksomhed samt til andre formål, herunder ikke momsregistreret virksomhed.

Det volder typisk ikke de store vanskeligheder at opgøre den ikke fradragsberettigede del, i det omfang et bestemt lokale alene anvendes til den ikke momsregistrerede virksomhed (eller privat), og lokalestandarden er ens for de forskellige anvendelser. Dette sker efter principperne i § 39, stk. 1-4.

Hvis et eller flere lokaler anvendes til blandet erhvervsvirksomhed, skal der foretages en fordeling af den beregnede købsmoms på de aktuelle lokaler. Fordelingen foretages på baggrund af et skøn. Ved udøvelsen af dette skøn henses normalt til omsætningsfordelingen mellem den momspligtige virksomhed og den momsfri virksomhed. Fradragsretten beregnes således efter principperne for blandet anvendelse i § 38, stk. 1 og 2.

Se TfS 2000, 645 hvor der af Landsskatteretten alene blev godkendt delvis fradragsret for momsen af udgifter ved genopførelse af bygninger, der var anvendt til såvel momspligtig landbrugsvirksomhed som til momsfritagen virksomhed ved ungdomshøjskole, der var et døgntilbud til unge over 18 år. Retten fandt, at momslovens § 39, stk. 1 og 2, ikke har taget direkte stilling til den situation, hvor de opførte bygninger anvendes til både momspligtige og momsfritagne aktiviteter. Den delvise fradragsret fandtes at skulle fastsættes på grundlag af et skøn over omfanget af de momspligtige aktiviteter, der blev udøvet fra de omhandlede bygninger. Skønnet var i sagen udøvet efter principperne i momslovens § 38, stk. 1.

I SKM2002.405.TSS har Told- og Skattestyrelsen præciseret TSS cirkulære nr. 2002-7 af 7. marts 2001, punkt 7. En virksomhed, der ud over kantinedrift har ikke-momspligtige aktiviteter eller blandede momsfrie og momspligtige aktiviteter, har delvis fradragsret for udgifter til spisefaciliteter, jf. momslovens §§ 38 og 39.

I henhold til bekendtgørelse om faste arbejdssteders indretning nr. 96 af 13. februar 2001 § 43 er virksomheder pålagt, at der på arbejdsstedet skal stilles spiseplads til rådighed. Spisepladsen skal ifølge bekendtgørelsens § 48 og 49 bestå af et egnet lokale, som skal indrettes med borde og stole. Udgifter til egnet lokale, borde og stole er således udgifter, som både knytter sig til virksomhedens sædvanlige leverancer og til kantinens leverancer.

I SKM2005.545.LSR anså Landsskatteretten spiselokalet i kantinen i en finansiel virksomhed som anvendt udelukkende til momspligtige kantineformål. Der var derfor fuldt fradrag for moms af udgifter til ombygning af og inventar til spiselokalet. Spiselokalet anvendes som udgangspunkt ikke til møder, med mindre der samtidig sker servering af drikkevarer og f.eks. sandwich m.v. Langt hovedparten af virksomhedens medarbejdere er tilmeldt en kantineordning, og det er således alene ganske få medarbejdere, der selv medbringer mad m.v. Kantinen og herunder spiselokalet er frit tilgængeligt område, og det kan derfor ikke udelukkes, at der er enkelte medarbejdere, der spiser medbragt mad i kantinens spiselokale. Bespisning af forretningsforbindelser sker i tilstødende mødelokaler. Ud over selve kantinen har selskabet et særskilt indrettet spiselokale, der står til rådighed for selskabets personale. Lokalet er særligt indrettet til spisning m.v. med borde, stole, opvaskemaskine, køleskab, service m.v. til brug for medarbejderne. I SKM2007.236.ØLR fandt Østre Landsret efter det oplyste om den samlede brug af kantinen, at der måtte gives Skatteministeriet medhold i, at udgifterne til ombygning af spiselokalet samt indkøb af inventar hertil også opfyldte andre formål end momspligtige kantineformål, herunder opfyldelse af kravene i bekendtgørelsen om faste arbejdssteders indretning. Landsretten fandt herefter, at udgifterne kun gav ret til delvis momsfradrag, jf. momslovens § 38, stk.1.