AfgiftsfritagelseReglerne for afgiftsfritagelse fremgår af §§ 9-10. Fritagelsen indebærer, at den registrerede virksomhed ikke har udgifter til målinger og analyser efter spildevandsafgiftsloven.

Registrerede virksomheder er fritaget for afgift af:

§ 9, stk. 1-2, og
§ 10, stk. 2

1. Vand, der udledes fra de dele af flerstrengede spildevandsanlæg, der primært er indrettet til bortledning af overfladevand (separatsystemer). Udledninger fra separatsystemer er ikke afgiftspligtige, selv om der er givet tilladelse til afledningen af andre former for let forurenet vand end overfladevand via systemet.
    
2. Spildevand, der udledes fra overløbsbygværker. Udledninger fra overløbsbygværker omfatter både overløbsbygværker i kloaknet og overløbsbygværker inden for renseanlæggets område. Overløbsbygværker adskiller sig således fra udledninger ved, at der kun udledes vand i perioder med en ekstraordinær stor vandmængde i spildevandssystemet.
    
3. Direkte udledninger ved afværgeboringer, grundvandssænkninger og andre selvstændige udledninger af grund- eller overfladevand, når vandet bortledes udenom spildevandsanlægget. Det gælder fx kølevand, hvor mængden af afgiftspligtige stoffer ikke er større i udledningen end ved tilførslen fra den pågældende vandforsyning, og filterskyllevand fra vandværker.
    
4. Udledning af vand fra muslingerenserier, hvor der er sammenfald mellem vandforsyningskilden og modtageren af spildevandet (recipienten).
    
5. Processpildevand, der udledes fra hav-, salt- og ferskvandsdambrug.

AfgiftsgodtgørelseReglerne for afgiftsgodtgørelse fremgår af §§ 10-12.

§ 10, stk. 1I det omfang, der er sammenfald mellem vandforsyningskilden og modtageren af spildevandet (recipienten), skal der kun betales afgift af nettotilførslen af stoffer. Der kan derfor ydes godtgørelse for den mængde stoffer, som tilføres spildevandsudlederen fra vandforsyningskilden.

§ 10, stk. 3Godtgørelse kan fastsættes til 5 øre pr. m³ eller beregnes på grundlag af en til SKAT anmeldt mindste koncentration, hvis der ikke foretages måling af det faktiske indhold. 

§ 14, stk.2Hvis den anmeldte koncentration efter § 10, stk. 3, afviger fra den faktisk konstaterede, så godtgørelsen bliver for høj, kan koncentrationen fastsættes til den konstaterede koncentration ved skønsmæssig ansættelse, se A.12.4.2.

§ 10, stk. 4Godtgørelsen kan ikke overstige den betalte afgift af den pågældende udledning.

Virksomheder, der afleder spildevand til spildevandsanlæg, skal ansøge SKAT om godtgørelse. Til dokumentation af godtgørelsen skal virksomheden kunne fremlægge fakturaer eller særskilte opgørelser, hvoraf størrelsen af afgiften fremgår.

Særligt spildevandstunge processer mv.Virksomheder, der er registreret efter momsloven, og som udfører særligt spildevandstunge processer/produktioner, kan få delvis godtgørelse af spildevandsafgiften. Det er en betingelse for godtgørelse, at 80 pct. af virksomhedens spildevandsafgift kan henføres til en af følgende processer/produktioner :

§ 11, stk. 1

• forarbejdning af fisk, krebsdyr, bløddyr og andre hvirvelløse havdyr eller dele heraf,
• fremstilling af cellulose eller
• fremstillingen af rør- og roesukker på baggrund af sukkerrør og sukkerroer.

• organiske pigmenter og præparater i forbindelse hermed,
• pectinstoffer, petinater og pectater samt planteslimer og gelateringsmidler, også modificerede, udvundet af vegetabilske stoffer, der henhører under toldtarifposition 1302.20 - 1302.39 eller
• vitaminer.

Der gives kun godtgørelse for den del af afgiften, der årligt overstiger 20.000 kr. For processer/produktioner under § 11, stk. 1, er godtgørelsen 97 pct. og under 11, stk. 2, er godtgørelsen 70 pct. ►Ved lov nr. 524 af 17. juni 2008 er godtgørelsesprocenten ændret fra 97 pct. til 80 pct. Skatteministeren fastsætter tidspunktet for ikrafttræden af bestemmelsen.◄

Krav
§ 12Virksomheder, der er registreret efter spildevandsafgiftsloven (industrielle egenudledere), får godtgørelse ved modregning på afgiftsangivelsen, herunder også for den evt. afgift, der opkræves fra renseanlægget.

Virksomheder, der afleder spildevand til fælles renseanlæg, skal ansøge SKAT om godtgørelse. Godtgørelsesperioden skal mindst omfatte et kvartal. Til dokumentation af godtgørelsen skal virksomheden kunne fremlægge fakturaer eller særskilte opgørelser, hvoraf størrelsen af afgiften fremgår. Renseanlægget skal efter anmodning fra sådanne virksomheder give de nødvendige oplysninger.