Ved lov nr. 453 af 10. juni 2003 om finansiel virksomhed gennemførtes en række konsekvensændringer i fusionsskatteloven om skattefri sammenlægning, fusion og omdannelse af banker, sparekasser, andelskasser og sammenslutninger af andelskasser. Loven trådte i kraft den 1. januar 2004.

Ved lov nr. 1215 af 27. december 2003 gennemførtes en række ændringer i fusionsskatteloven vedrørende indgangsværdier for afskrivningsberettigede aktiver i tilfælde af fusion, hvor aktiver knyttes til et modtagende dansk selskabs faste driftssted i en fremmed stat, Færøerne eller Grønland.

Ved lov nr. 358 af 19. maj 2004 om annullering af egne aktier gennemførtes en konsekvensændring i fusionsskatteloven som følge af den nye regel i LL § 16 A, stk. 12.

Ved lov nr. 428 af 6. juni 2005 er der som følge af skatteforvaltningsloven gennemført konsekvensændringer i fusionsskatteloven.

Ved Lov nr. 527 af 17. juni 2008 er kravet om indsendelse af selskabsretlige dokumenter udarbejdet ved omstruktureringer til SKAT ophævet. Se også afsnit S.D.1.7.

Forhold til EU-rettenKlageadgang til Landsskatteretten er indført for at bringe reglerne i overensstemmelse med EF-domstolens dom af 17. juli 1997 i sag C-28/95, den såkaldte Leur-Bloem-sag. I dommen, der er offentliggjort i Skat Udland 1997, 257, fastslås det, at artikel 11, stk. 1, litra a, i Rådets direktiv nr. 90/434/EØF af 23. juli 1990 om en fælles beskatningsordning ved fusion, spaltning, tilførsel af aktiver og ombytning af aktier vedrørende selskaber i forskellige medlemsstater (fusionsdirektivet), skal fortolkes således, at ved afgørelsen af, om den påtænkte transaktion som hovedformål har skattesvig eller skatteunddragelse i direktivets forstand, skal de kompetente myndigheder foretage en samlet undersøgelse af den konkrete situation. Undersøgelsen skal kunne undergives en retslig prøvelse. En nærmere afgrænsning af begreberne "skattesvig" og "skatteunddragelse" fremgår hverken af fusionsdirektivet eller Leur-Bloem-dommen. Om afgrænsningen af begreberne fremgår det af skatteministerens svar til Folketingets Skatteudvalg den 20. januar 1992 på spørgsmål nr. 30 og nr. 31 (L20): "Skattesvig" og "Skatteunddragelse" anvendes i den danske oversættelse af fusionsdirektivet på en lidt anden måde end normalt i dansk skattelovgivning. I den franske originaltekst står der "la Fraude ou l´évasion fiscales". Selv om oversættelsen heraf til "skattesvig eller skatteunddragelse" næppe kan kritiseres ud fra en sproglig synsvinkel, havde det været i bedre overensstemmelse med sprogbrugen i dansk skattelovgivning at oversætte til "skatteunddragelse eller skatteundgåelse", idet "évasion fiscale" er en ikke-strafbar undgåelse af at betale skat.

Det er kun afgørelser efter FUL § 15, stk. 1, FUL § 15 a, stk. 1, og FUL § 15 c, stk. 1, der kan indbringes for Landsskatteretten. Baggrunden herfor er, at en prøvelse af tilladelse henholdsvis vilkår, herunder ændring af vilkår, ligger uden for Landsskatterettens normale kompetence, idet der ikke er tale om en legalitetsprøvelse. Behandlingen af sådanne sager falder derfor som udgangspunkt uden for Landsskatterettens arbejdsområde. Imidlertid fremgår de hensyn, der kan begrunde nægtelse af dispensation eller fastsættelse af vilkår i forbindelse hermed efter FUL § 15, stk. 1, FUL § 15 a, stk. 1, og FUL § 15 c, stk. 1, af fusionsdirektivets artikel 11, stk. 1, litra a. Der kan derfor i relation til direktivet være tale om en legalitetsprøvelse af, hvorvidt en disposition omfattes af begreberne skattesvig eller skatteunddragelse i direktivets forstand, og derfor må tilsidesættes efter reglerne i fusionsdirektivets artikel 11, stk. 1, litra a. Landsskatterettens prøvelse vil i givet fald bestå i at vurdere, om et vilkår er acceptabelt efter proportionalitetsprincippet, men retten vil ikke kunne opstille et andet og lempeligere vilkår. Sagen må i så fald gå tilbage til told- og skatteforvaltningen til fornyet behandling, hvor der herefter må opstilles et nyt lempeligere vilkår. Endvidere vil Landsskatteretten kunne tage stilling til, om nægtelse af tilladelse til fusion, spaltning henholdsvis tilførsel af aktiver er i overensstemmelse med fusionsdirektivets artikel 11, stk. 1, litra a. Landsskatterettens afgørelse kan i øvrigt indbringes for domstolene.

TfS 2000, 846 V vedrører en præjudiciel forelæggelse, hvor Vestre Landsret fremsendte et præjudicielt spørgsmål til EF-domstolen om fortolkningen af fusionsdirektivet i relation til spørgsmålet om "en gren af en virksomhed" og "fungere ved hjælp af egne midler". Generaladvokaten afgav den 11. september 2001 forslag til EF-domstolens afgørelse. Sagen vedrører en af Ligningsrådet afgivet tilladelse til skattefri tilførsel af aktiver på følgende vilkår: Låneprovenu stort 10 mio kr. med tilhørende låneforpligtelse skulle enten forblive samlet i det indskydende selskab eller overføres samlet til det modtagende selskab, og der måtte ikke fra det indskydende selskab, de personlige hovedaktionærer eller tredjemand i øvrigt være ydet sikkerhed i form af kaution, pant, indeståelse eller lign. til fordel for det modtagende selskab. Det sagsøgende selskab gjorde gældende, at de opstillede vilkår ikke havde hjemmel i fusionsdirektivets artikel 11, hvilket skatteministeriet heller ikke havde hævdet under sagen. Skatteministeriet gjorde derimod gældende, at de af Ligningsrådet opstillede vilkår, ikke er vilkår i medfør af FUL §15 c, stk. 1, men derimod betingelser, der skal opfyldes, førend de af sagsøgeren påtænkte dispositioner er omfattet af definitionen af tilførsel af aktiver i FUL § 15 c, stk. 2/fusionsdirektivets artikel 2, litra c og litra i. Spørgsmålene vedrører således fortolkningen af direktivets artikel 2, litra c og litra i/FUL § 15, stk. 2.

Generaladvokaten indstillede, at de præjudicielle spørgsmål skulle besvares således: "En transaktion, hvorefter provenuet af et lån, som det indskydende selskab har optaget, forbliver i selskabet, mens de hertil svarende forpligtelser overføres til det modtagende selskab, udgør ikke en tilførsel af aktiver, som omhandlet i art. 2, litra c) og i), i direktiv 90/434, uanset hvad formålene er med en sådan opsplitning af aktiv- og passivposten i forbindelse med lånet. Det er derimod ikke udelukket, at der kan være tale om en tilførsel af aktiver, som omhandlet i direktivets art. 2, litra c) og i), såfremt det indskydende selskab i forbindelse med en overførsel af en gren af en virksomhed bevarer en selvstændig aktiepost i et tredje selskab. For at der kan være tale om en tilførsel af aktiver, som omhandlet i art. 2, litra c) og i), i direktiv 90/434, skal det modtagende selskab være uafhængigt af det indskydende selskab og have passende midler til at drive egen erhvervsmæssig virksomhed, eventuelt ved optagelse af en kredit på normale markedsvilkår, eventuelt ved optagelse af en kredit på normale markedsvilkår. Såfremt det indskydende selskab stiller sikkerhed for en kredit, som det modtagende selskab har optaget, skal de nationale myndigheder vurdere, om en sådan sikkerhed er uomgængeligt nødvendig for, at det modtagende selskab kan drive sin egen virksomhed. Såfremt dette er tilfældet, må det antages, at det modtagende selskab ikke kan fungere ved hjælp af egne midler."

EF-Domstolens dom i sagen (C-43/00) forelå den 15. januar 2002, jf. SKM2002.620.EFD. EF-Domstolen udtalte, at "Artikel 2, litra c) og i), i Rådets direktiv 90/434/EØF af 23. juli 1990 om en fælles beskatningsordning ved fusion, spaltning, tilførsel af aktiver og ombytning af aktier vedrørende selskaber i forskellige medlemsstater skal fortolkes således, at der ikke foreligger en tilførsel af aktiver i direktivets forstand i tilfælde, hvor en transaktion går ud på, at det indskydende selskab bevarer provenuet af et betydeligt lån, selskabet har optaget, mens de hertil svarende forpligtelser overføres til det modtagende selskab. Det er herved uden betydning, at det indskydende selskab bevarer en mindre aktiepost i et tredje selskab."

EF-Domstolen udtalte endvidere: "Det tilkommer den nationale ret at bedømme, om en tilførsel af aktiver vedrører en selvstændig bedrift i den forstand, hvori udtrykket er anvendt i artikel 2, litra i), i direktiv 90/434/EØS, dvs. en samlet enhed, der kan fungere ved hjælp af egne midler, når det modtagende selskabs fremtidige likviditetsbehov skal tilvejebringes ved en driftskredit fra et pengeinstitut, som bl.a. kræver, at aktionærerne i det modtagende selskab stiller sikkerhed i form af aktier, der repræsenterer selskabets kapital."