Grundlaget for beregning af den såkaldte importmoms er varernes toldværdi og andre afgifter, der er foranlediget af indførslen, bortset fra selve importmomsen. Tolden skal således altid medregnes i grundlaget. Punktafgifter indgår kun i det omfang, de efter den pågældende afgiftslov skal betales ved indførslen. I de fleste tilfælde vil fakturaværdien blive lagt til grund ved fastsættelse af toldværdien. Om toldværdien, se Toldvejledningens afsnit A.6.

Forsendelses- og forsikringsomkostninger mv., der påløber indtil varernes bestemmelsessted i EU skal også medregnes i grundlaget, når dette sted er kendt på det tidspunkt, hvor momspligten indtræder, dvs. på  fortoldningstidspunktet. Omfattet af bestemmelsen er omkostninger som er direkte  eller indirekte knyttet til transport af varer ved indførsel, jf. SKM2006.99.LSR. Som eksempel på omkostninger der som udgangspunkt er omfatttet kan nævnes speditørens vederlag for at angive til midlertidig oplæggelse og foretage fortoldning.

Af § 36, stk. 2 fremgår, at ydelser i forbindelse med indførsel af varer fra steder uden fra EU er fritaget for moms, når ydelsens værdi indgår i momsgrundlaget efter § 32, stk. 1. Det er ikke afgørende for pligten at medregne ovennævnte forsendelses- og forsikringsomkostninger mv. til momsgrundlaget, at disse ydelser er leveret momsfrit til importøren. Hvis bestemmelsesstedet er kendt på fortoldningstidspunktet, er importøren forpligtet til at medregne de pågældende omkostninger til momsgrundlaget.

Hvis de pågældende tjenesteydelser skal medregnes til momsgrundlaget i henhold til § 32, stk. 1 og det ikke er sket, er det importøren der er betalingspligtig for den manglende momsafregning, jf. § 46, stk. 4. 

Særlige ordninger For varer, der er omfattet af EU's markedsordninger for landbrugsvarer, frugt- og gartneriprodukter mv., og som ved indførslen lægges på oplag for landbrugsvarer, beregnes momsen på grundlag af toldværdien tillagt eventuel told. Når varerne første gang fraføres oplaget mod betaling af landbrugselement og af udlignings- og tillægsafgift, beregnes momsen kun af de nævnte afgifter.

Ved indførsel af landbrugsvarer i andre tilfælde beregnes momsen på grundlag af toldværdien tillagt eventuel told.