Der betales moms af EU-varer, der fraføres efter at have været oplagt i Københavns Frihavn, på et frilager eller på et afgiftsoplag.

Ved oplæggelse af varer i Københavns Frihavn eller på et frilager er leverancen ved oplæggelsen, senere leveringer og ydelser, der foretages på de oplagte varer, fritaget for moms. Fritagelsen omfatter ydelser såsom lagerleje samt ydelser, der fysisk foretages på oplaget, f.eks. nedfrysning eller andre ydelser til varernes bevarelse. Se I.1.9. Om momsfritagelse ved levering til provianteringsvirksomheder, se I.1.10. Om visse afgiftsoplag, se I.1.11 og I.1.12.

I en sag om tyveri fra en provianteringsvirksomhed fandt Højesteret i SKM2002.149.HR, at der i den dagældende Toldbehandlingsbekendtgørelses § 87, stk. 1, jf. toldlovens § 57, sammenholdt med momslovens § 11 a, var hjemmel til at opkræve moms hos den registrerede oplagshaver for varer, der var gået tabt ved tyveri.

Landsretten fandt i SKM2004.475.ØLR, at Københavns Havn ikke hæftede for momskravet vedrørende spiritusvarer (EU-varer), der var stjålet fra frihavnen. Spiritusvarerne fandtes ikke at være oplagt efter momslovens §11a i Københavns Frihavn, og Københavns Havn havde ikke foranlediget, at varerne blev fraført oplaget efter momslovens §46, stk. 3.

EF-domstolen har i sag C-435/03, British American Tobacco International Ltd. m.fl., udtalt, at tyveri af varer ikke kan anses for "levering af goder mod vederlag" som omhandlet i direktivets artikel 2 og derfor ikke som sådan kan være momspålagt. Det forhold, at varer som de i hovedsagen omhandlede er punkafgiftspligtige, har ingen betydning for denne vurdering. Domstolen har ikke i forbindelse med dommen taget stilling til anvendelsen af direktivets artikel 155 (tidligere artikel 16, stk. 1, som affattet ved artikel 28 c, punkt E), der er den underliggende hjemmel for momslovens § 11 a.

Om fradragsret for moms, der skal betales efter § 11 a, se Told- og Skattestyrelsens udtalelse i SKM2004.160.TSS, som delvist ændret ved SKM2008.715.SKAT, der begge er omtalt i afsnit J.1.1.13.Landsskatteretten har i SKM2003.514.LSR, fastslået, at der hverken i toldloven, toldbehandlingsbekendtgørelsen, eller i momsloven er hjemmel til at pålægge rederier at betale moms af svind om bord på skibe, der er omfattet af en provianteringstilladelse.