Der skal derfor foretages en sædvanlig indkomstopgørelse for virksomheden. Ved opgørelsen medregnes alle skattepligtige indtægter og udgifter vedrørende virksomheden, og der fradrages driftsomkostninger og renteudgifter, ligesom fortjeneste og tab i forbindelse med afståelse m.v. også medregnes ved indkomstopgørelsen efter skattelovgivningens almindelige regler herom.

En erhvervsdrivende havde indbetalt ambi for indkomstårene 1988-90, og beløbene blev fratrukket ved indkomstopgørelsen for de pågældende år, hvor han benyttede virksomhedsordningen. I de efterfølgende år havde han alene anvendt virksomhedsordningen for 1994. I 1995 modtog han tilbagebetaling af ambi. Ligningsrådet udtalte, at den erhvervsdrivende havde pligt til at medregne den tilbagebetalte ambi i virksomhedsindkomsten for 1995, hvis han valgte at henføre det tilbagebetalte beløb til dette år, og hvis han i dette år havde benyttet virksomhedsordningen. Denne kunne dog ikke anvendes på den tilbagebetalte ambi, hvis anden indkomst end ambi blev holdt uden for virksomhedsordningen, TfS 1996, 402 LR.

I forhold til virksomhedsordningen skal der også foretages en sædvanlig indkomstopgørelse for genvundne afskrivninger i forbindelse med afståelse af en virksomhed eller en del af en virksomhed. Ved opgørelsen af den skattepligtige indkomst for en virksomhed under virksomhedsordningen medregnes 90 pct. af de genvundne afskrivninger, jf. AL § 9, stk. 4, og § 21, stk. 6.

Om opgørelsen af virksomhedens skattepligtige indkomst bemærkes i øvrigt:

• Bidrag til arbejdsgiversammenslutninger som nævnt i LL § 13 er ikke fradragsberettigede ved opgørelse af virksomhedens indkomst. Afholdes sådanne udgifter af virksomheden, anses beløbet for overført til den skattepligtige, som kan fradrage beløbet ved opgørelse af den skattepligtige indkomst. Se endvidere SKM2005.300.LSR.
  
• Hvis en blandet benyttet bil indgår i virksomheden, skal den behandles som et fuldt erhvervsmæssigt aktiv. Skattemæssige afskrivninger og øvrige driftsudgifter fratrækkes således fuldt ud ved opgørelsen af virksomhedens skattemæssige resultat. Blandet benyttede aktiver, herunder biler, er behandlet nærmere i E.G.2.1.6.
  
• Virksomheden refunderer de erhvervsmæssige omkostninger, som den skattepligtige har afholdt for virksomheden. Sådanne refusioner til den skattepligtige fratrækkes ved opgørelsen af virksomhedens indkomst.
  
• Værdien af den skattepligtiges benyttelse af virksomhedens aktiver eller ikke-bogført udtag af varer til privat anvendelse, tillægges virksomhedens indkomst og anses for overført til den skattepligtige.
  
• Tilskud, som den skattepligtige modtager i egenskab af selvstændigt erhvervsdrivende, skal indgå i virksomheden, uanset om de er skattepligtige eller ej. Tilskud som nævnt i AL § 44 indgår i virksomheden, når de modtages, dvs. uafhængig af, hvornår de medregnes ved opgørelsen af virksomhedens skattepligtige indkomst.
  
• Med hensyn til syge- og barselsdagpenge, iværksætterydelse og uddannelses- og forældreorlovsydelse, der udbetales til selvstændigt erhvervsdrivende, henvises til E.B.8.3.1.1 og SKM2003.416.ØLR.
  
• Hvis indehaveren af en virksomhed under virksomhedsordningen modtager vederlag fra en hvervgiver, som er forpligtet til at indeholde A-skat af beløbet, medregnes den fulde indkomst ved opgørelsen af virksomhedens overskud, og den tilbageholdte A-skat anses for overført til den skattepligtige i hæverækkefølgen efter VSL § 5.
  
• Livsvarige ydelser på finansloven, anses ikke for at vedrøre virksomheden, jf. SKM2002.168.LSR.
  
• En virksomheds udenlandske indkomst skal ligesom virksomhedens indenlandske indkomst medregnes ved opgørelsen af virksomhedens indkomst efter VSL § 6. Hvis den skattepligtige f.eks. kun har én virksomhed, og hvis denne er placeret i udlandet, kan virksomhedsordningen anvendes på denne virksomhed, ligesom ordningen kan anvendes på en virksomhed, der drives her i landet. Hvis den skattepligtige f.eks. driver selvstændig erhvervsvirksomhed både i udlandet og her i landet, skal virksomhedsordningen anvendes på samtlige virksomheder, hvis den skattepligtige vil anvende ordningen, jf. E.G.2.2.3, som behandler VSL § 2, stk. 3, hvorefter samtlige virksomheder i forhold til virksomhedsordningen skal behandles som én virksomhed, hvis den skattepligtige driver flere virksomheder. 
• Udgifter til formueadministration er fradragsberettigede jf. SKM2006.409.LSR.
  
• Udgifter til løbende ydelser efter LL § 12 skal som hovedregel fragå ved opgørelsen af skattepligtig indkomst uden for virksomheden. Indtægter i form af løbende ydelser beskattes som hovedregel som personlig indkomst uden for virksomheden.
  
  Udgifter til ensidigt påtagne løbende ydelser til foreninger, stiftelser, institutioner m.v. og religiøse samfund efter LL § 12, stk. 2-6, skal altid fradrages ved opgørelsen af skattepligtig indkomst uden for virksomheden. I visse tilfælde kan udgifter efter LL § 12, stk. 7, om løbende ydelser, der udredes efter en gensidigt bebyrdende aftale indgået før den 1. juli 1999, fradrages i den personlige indkomst efter PSL § 3, stk. 2, nr. 1.
  
  Forudsætningen herfor er, dels at den skattepligtige, som afholder ydelsen, er selvstændigt erhvervsdrivende, dels at den afholdte udgift har karakter af en driftsomkostning. Der kan f.eks. være tale om en driftsomkostning, hvis den skattepligtige i forbindelse med overtagelse af en virksomhed påtager sig en underholds- eller aftægtsydelse (eventuelt i form af fribolig) over for den tidligere ejer. Der kan også være tale om, at købesummen for en virksomhed helt eller delvist fastsættes til en løbende andel af overskuddet eller omsætningen i en vis årrække.
  
  Hvis den selvstændigt erhvervsdrivende anvender virksomhedsordningen, skal udgifterne til sådanne løbende ydelser fragå ved opgørelsen af virksomhedens indkomst. Tilsvarende skal sådanne indtægter indgå i virksomheden.
  
  For løbende ydelser, der udredes efter en gensidigt bebyrdende aftale indgået den 1. juli 1999 eller senere, finder LL § 12 B anvendelse. Denne bestemmelse er gennemgået i E.I.2.4.2, hvortil der henvises. Løbende ydelser eller vederlag ved overdragelse af forpligtelsen til at betale løbende ydelser kan efter LL § 12 B, stk. 5, 7 og 9, fradrages i yderens skattepligtige indkomst, i det omfang ydelsen eller vederlaget ikke fragår i saldoen for den kapitaliserede værdi af ydelserne, jf. LL § 12 B, stk. 3. Tilsvarende beskattes løbende ydelser og vederlag for afståelse af retten til løbende ydelser alene hos modtageren, i det omfang ydelsen eller vederlaget ikke fragår i saldoen, jf. således LL § 12 B, stk. 4, 6 og 8.
  
  Ændringen af LL § 12, stk. 7, og indføjelsen af LL § 12 B har alene betydning for, i hvilket omfang løbende ydelser er skattepligtige og fradragsberettigede. Spørgsmålet om hvorvidt skattepligtige og fradragsberettigede løbende ydelser skal indgå i virksomheden skal dermed fortsat afgøres efter de ovennævnte principper. Tilsvarende gælder for skattepligtige og fradragsberettigede vederlag for afståelse af retten/forpligtelsen til at modtage/betale løbende ydelser.
  
• Ved salg af en ejendom omfattet af virksomhedsordningen, indgår en eventuel fortjeneste i virksomhedens overskud, uanset at fortjenesten efter ejendomsavancebeskatningsloven og personskatteloven beskattes som kapitalindkomst. Hvis fortjenesten spares op, skal der betales en foreløbig virksomhedsskat. Når det opsparede beløb senere hæves, vil beløbet med tillæg af den dertil svarende virksomhedsskat blive beskattet som personlig indkomst, se E.J.2.1.4.