Skatteministeren har i bekendtgørelse nr. 976 af 17. oktober 2005 fastsat, at SKAT, der blev oprettet den 1. november 2005, varetager de opgaver, der ved SFL § 1 er tillagt told- og skatteforvaltningen.

Organisation SKAT er organiseret som en landsdækkende enhedsforvaltning, der består af følgende enheder: Hovedcentret med tilknyttede særlige enheder, dvs. Retssikkerhedschefen, Ankecentret og Spillemyndigheden, 6 regionale enheder, som er SKAT Nordjylland, SKAT Midtjylland, SKAT Syddanmark, SKAT Midt- og Sydsjælland, SKAT Nordsjælland og SKAT København, 30 skattecentre og 13 landsdækkende enheder på udvalgte fagområder og forankret i de 6 regionale enheder.

De særligt udskilte enheder i Hovedcentret, dvs. Ankenævnsekretariater , Spillemyndigheden og Retssikkerhedschefen har direkte reference til told- og skattedirektøren og er dermed en del af SKAT.

Interne revision refererer direkte til departementschefen.

Derimod er Skatteministeriets departement samt de kollegiale nævn Skatterådet, Landsskatteretten, skatteankenævnene, vurderingsankenævnene, motorankenævnene og Spilleankenævnet ikke en del af SKAT. 

Opgaver SKAT varetager forvaltningen af lovgivning om skatter og lov om vurdering af landets faste ejendomme, jf. SFL § 1, hvilket især vil sige foretagelse af ansættelser, opkrævning, kontrol og besvarelse af forespørgsler, herunder bindende svar.

SFL § 1 omfatter ikke kun indkomstskat, herunder dødsboskat og ejendomsværdiskat, men også gaveafgift, moms, punktafgifter, told, arbejdsmarkedsbidrag, kirkeskat, afgift efter pensionsbeskatningsloven og lignende retlige ydelser til det offentlige. På specielle områder forvaltes skattelove dog af andre myndigheder, f.eks. hører retsafgiftloven under justitsministeren.

Forvaltningen af lovgivningen om enhver form for skat til det offentlige, jf. anvendelsen af begrebet skat i grundlovens § 43, er således samlet hos SKAT.

SKAT vurderer tillige landets faste ejendomme efter reglerne i vurderingsloven. SKAT kan foretage fornøden besigtigelse af en ejendom i forbindelse med vurderingen af ejendommen.

SKAT som klagemyndighed I en række nærmere afgrænsede sager skal en klage til et ankenævn/Landsskatteretten indgives til SKAT, der vurderer, om der eventuelt er grundlag for at give medhold i klagen, inden den sendes til klagemyndigheden. Om disse såkaldte remonstrationsordninger henvises til afsnit H.1 om klage over årsopgørelser og til Inddrivelsesvejledningens afsnit C.3.2.

Særligt om ekstern information og ensartethed SKATs eksterne information sker på SKATs hjemmeside ved offentliggørelse af "Styresignaler" eller "SKAT-meddelelser", samt juridiske vejledninger og øvrige vejledninger, herunder pjecer. Hensigten med offentliggørelse af Styresignaler, der kun udsendes af SKATs Juridiske Center, er at sikre ensartethed, og at fastlægge eller præcisere praksis, hvor der er behov for det, f.eks. hvis der er konstateret et uklart retsgrundlag. SKAT-meddelelser kan udgives af alle enheder i SKAT og omfatter bl.a. praktiske fremgangsmåder, fx retningslinier/procedurer for behandling af en bestemt type sager, samt regulering af satser. Se SKM2009.105.SKAT

Særligt om tilsyn Det tidligere tilsyn med de kommunale skatteforvaltninger er bortfaldet i og med, at SKAT nu er en enhedsorganisation. Der vil stadig blive udøvet et generelt tilsyn i form af udarbejdelse af lignings- og kontrolplaner samt meddelelser om fortolkninger m.v. Det tidligere tilsyn med ankenævnenes afgørelser er opretholdt, idet SKAT i henhold til SFL § 2, stk. 3, kan indstille til Skatterådet, at en åbenbart ulovlig afgørelse bliver ændret. Tidligere var kriteriet, at en urigtig afgørelse kunne ændres.

Der er med etableringen af SKAT endvidere sket den ændring, at det hidtidige tilsyn med skatte- og vurderingsankenævnenes virksomhed er reduceret til et rent passivt tilsyn. Dette indebærer, at SKAT alene skal reagere, hvis SKAT eller Skatterådet bliver opmærksom på, at et skatteankenævn, et vurderingsankenævn eller et motorankenævn har truffet en åbenbart ulovlig afgørelse, fx ved at et nævnsmedlem henleder SKATs eller Skatterådets opmærksomhed herpå, eller ved at en medarbejder i nævnssekretariatet gør opmærksom herpå. Styresignalet SKM2009.422.SKAT indeholder en beskrivelse af de procedurer, der gælder for ankenævnsafgørelser, som henholdsvis medarbejdere i SKAT, herunder ansatte i ankenævnssekretariaterne, og medlemmer af et ankenævn ønsker forelagt for Skatterådet efter SFL § 2, stk. 3 om åbenbart ulovlige afgørelser. Styresignalet indeholder endvidere en beskrivelse af den interne kompetencefordeling mellem Juridisk Center og Ankechefen i relation til disse procedurer samt en afgrænsning af begrebet åbenbart ulovlig. Meddelelsen indeholder et link til Retssikkerhedschef Margrethe Nørgaards rapport af 12. oktober 2007 om "Anbefalinger om principper og procedure for indbringelse af ankenævnsafgørelser til Skatterådet i medfør af skatteforvaltningslovens § 2, stk. 3."

Der kan henvises til Skatterådets afgørelse SKM2008.277.SR, hvor en skatteankenævnsafgørelse truffet uden hjemmel i EBL blev anset for åbenbart ulovlig. Skatterådet konstaterede, at bestemmelsen i SFL § 2, stk. 3, er en "kan"-bestemmelse, og ændrede ikke ankenævnsafgørelsen, fordi det konkrete tilfælde var så usædvanligt, at der ikke kunne forventes yderligere tilsvarende sager. Derimod ændrede Skatterådet i SKM2008.439.SR skatteankenævnets afgørelse, som var direkte i strid med en klar landsskatteretspraksis om AM-bidragspligt ved ansættelse hos dansk arbejdsgiver. I Skatterådets afgørelse, jf. SKM2009.588.SKAT, SKM2009.589.SKAT og SKM2009.590.SKAT fandt Skatterådet ikke, at afgørelsen var åbenbart ulovlig. 

Det bemærkes, at hvis der ikke er udsendt agterskrivelse om ændring inden udløbet af den ordinære ansættelsesfrist, gælder fristreglerne om ekstraordinær ansættelse, herunder 3-måneders reaktionsfristen i SFL § 27, stk. 1, nr. 6, jf. nærmere herom under G.1.1.2.

Sekretariatsbistand til skatte-, vurderings- og motorankenævnene  Efter SFL § 10, stk. 7 stiller SKAT sekretariatsbistand til rådighed for henholdsvis skatte-, vurderings- og motorankenævnene. Sekretariatet skal være organisatorisk adskilt fra SKATs øvrige forvaltning. Dette krav er opfyldt ved etablering af en ankenævnsenhed, hvor lederen refererer direkte til SKATs direktør.

Obligatorisk indstilling til Skatterådet Af SFL § 33, stk. 3, fremgår, at hvis en vurdering af en fast ejendom skal foretages eller ændres efter udløbet af fristerne i SFL § 33, stk. 1 og 2, skal dette ske ved, at SKAT forelægger sagen for Skatterådet. Om der er grundlag for en sådan forelæggelse vil normalt ikke i sig selv være en afgørelse i forhold til den skattepligtige. I den særlige situation i SFL § 33, stk. 3, hvor den skattepligtige ikke har andre muligheder for at forfølge sagen videre, har Landsskatteretten i SKM2007.673.LSR afgjort, at hvis SKAT afslår at forelægge sagen for Skatterådet, er der tale om en afgørelse, der af den skattepligtige kan påklages til Landsskatteretten.