Selskabsskatteloven indeholder i § 3 en række skattefritagelsesbestemmelser. Er der tale om en fond, gælder skattefritagelsen dog kun såfremt fonden ikke er skattepligtig efter fondsbeskatningsloven. En fond, der er undtaget fra registreringspligt i Erhvervs- og Selskabsstyrelsen efter EFL § 1, stk. 4, jf. EFL § 5, stk. 1, og som eksempelvis udøver almennyttig boligvirksomhed, er således generelt fritaget for beskatning, jf. SEL § 3, stk. 1, nr. 6.

Boligorganisationer m.v., som har aktivitet i form af produktion af elektricitet og varme, er dog skattepligtige af indtægt herved, jf. afsnit S.A.1.5 og afsnit S.A.3.1

For skattepligtige efter fondsbeskatningsloven er skattefrihed efter SEL § 3 derimod uden betydning. Således vil f.eks. en havn eller et gas-, vand- og fjernvarmeværk, der er organiseret som en erhvervsdrivende fond, og som på grund af sin aktivitet ville være fritaget for skattepligt efter SEL § 3, stk. 1, nr. 4, være skattepligtig efter fondsbeskatningsloven.

Som nævnt under afsnit S.H.2.1., er fonde, som generelt eller konkret er undtaget fra fondslovene, ikke omfattet af fondsbeskatningsloven, men derimod i almindelighed af SEL § 1, stk. 1, nr. 6.