Kompetencen til at afgøre om en genoptagelsesanmodning skal imødekommes tilkommer SKAT. For så vidt angår spørgsmål om, hvilken enhed i SKAT, der træffer afgørelse vedrørende anmodningen om genoptagelse, afgøres dette af SKATs interne kompetenceplan.

En genoptagelsesanmodning skal altså indgives til SKAT, medmindre der er tale om et spørgsmål, hvor en anden myndighed tidligere har taget stilling. I sådanne tilfælde vil SKAT kun have kompetence, hvis genoptagelsen er begrundet i omstændigheder, som anført i SFL § 32, stk. 1. Se A.A.8.3.5 om genoptagelse ud over den almindelige 3-årsfrist.

Kompetencen til at genoptage Landsskatterettens egne afgørelser, ligger hos Landsskatteretten, bortset fra tilfælde, hvor anmodningen om genoptagelsen er begrundet i omstændigheder, som anført i SFL § 32, stk. 1. Se A.A.8.3.5 om denne regel.

Hvis anmodningen om genoptagelse fører til, at SKAT beslutter at ændre afgiftstilsvaret, skal der udsendes sagsfremstilling med forslag til afgørelse eller et forslag til afgørelse, medmindre den afgiftspligtiges eller den godtgørelsesberettigedes genoptagelsesanmodning imødekommes fuldt ud.

SKATs afgørelse kan påklages administrativt på samme måde som en klage over ændring af opgørelse af et afgiftstilsvar og godtgørelse af en afgift. Det vil sige, at der normalt er klageadgang til Landsskatteretten. Se SFL § 11.

Hvis klagemyndigheden giver tilladelse til genoptagelse, skal genoptagelsen effektueres af SKAT. Hvis sagen genoptages, følger en eventuel klage over ændringen af afgiftstilsvaret den sædvanlige klageinstansfølge.