Arbejdsgiveren skal give SKAT meddelelse om ansættelsesforholdet under den særlige skatteordning inden 8 dage efter, at indeholdelsespligten er indtrådt, jf. § 16, stk. 3 i BEK nr. 1247/2009. Meddelelsen skal indeholde oplysninger om
- arbejdsgiverens navn, adresse og CVR/SE-nummer,
- medarbejderens navn, adresse og cpr.nr., og
- ansættelsesperioden.
Til dette formål anvendes blanket 01.012, som sendes til det skattecenter, der er anført på blanketten. Blanketten vedlægges kopi af ansættelsesaftalen og eventuel anden nødvendig dokumentation. Hvis ansættelsesforholdet forlænges eller afbrydes før ansættelsesperiodens udløb, skal arbejdsgiveren give SKAT meddelelse herom.
Arbejdsgiveren skal indeholde A-skat med enten 25 procent eller 33 procent af indkomst omfattet af ordningen. Skatteprocenten afhænger af medarbejderens valg, jf. afsnit D.B.5.2.3. Der udskrives ikke skattekort til brug for indeholdelsen.
Arbejdsgiveren skal endvidere indeholde AM-bidrag, med mindre medarbejderen er fritaget for betaling af AM-bidrag i henhold til AMBL § 7, stk. 3 eller 4.
Indberetning af lønoplysninger til eIndkomst og betaling af A-skat og AM-bidrag skal foretages hver måned som for virksomhedens øvrige ansatte. Ved indberetning af lønoplysninger for medarbejdere under den særlige skatteordning skal indkomsttypen angives med Forskerordningen (08) og feltet "Kode 68" udfyldes med "48". Hvis medarbejderen har valgt beskatning med 33 pct., skal indkomsttypen angives med Forskerordningen (08) og "33" i feltet "Kode 68". Såfremt en ansat overgår til almindelig beskatning under ansættelsen, skal lønoplysninger for perioder med løn under den særlige ordning indberettes til eIndkomst som nævnt. Perioder med indkomst til almindelige beskatning skal indberettes særskilt til eIndkomst med indkomsttype "almindelig indkomst" og uden "48" i feltet "Kode 68". Hvis medarbejderen først vælger beskatning under den særlige skatteordning, efter at arbejdsgiveren en eller flere gange har indeholdt almindelig A-skat, reguleres den indbetalte skat for det indeværende år af arbejdsgiveren.
Såfremt betingelserne for anvendelse af den særlige skatteordning ikke er opfyldt, hæfter arbejdsgiveren for den manglende indeholdelse i henhold til KSL § 69 og § 74 samt AMBL § 15, stk. 2 og § 18, stk. 1. Hvis medarbejderen efterfølgende vælger beskatning med 33 procent i stedet for 25 procent, jf. KSL § 48 F, stk. 3 eller stk. 5, anses arbejdsgiveren ikke for at have indeholdt kildeskat med for lavt beløb. Dette gælder kun indtil det tidspunkt, hvor medarbejderen har foretaget valget eller omvalget af skatteprocent. Se bemærkningerne til § 1, nr. 3 i Lovforslag nr. 162/2007.
Hvis indeholdelsen er sket med et for lavt beløb, modregnes det manglende beløb i eventuel overskydende skat, jf. KSL § 62, stk. 1. Det sker før der beregnes procentgodtgørelse af overskydende skat. Er indeholdelsen af skat sket med et for stort beløb, modregnes dette i eventuel restskat, før der beregnes procenttillæg heraf, jf. KSL § 61, stk. 1. Fører modregningen til et samlet resterende beløb, opkræves dette efter beregning af procenttillæg i 3 rater - normalt - den 1. i hver af månderne september, oktober og november i året efter indkomståret. Hvis der både er en restskat, og der er betalt for lidt i forskerskat, vil en opkrævning af restskatten i 3 rater for den del, som ikke kan indregnes i forskudsskatten, kunne slås sammen med opkrævningen af for lidt betalt forskerskat. Tilsvarende gælder, at en tilbagebetaling af såvel overskydende skat som af overskydende forskerskat kan ske samlet. Se bemærkninger til § 1, nr. 23, i Lovforslag nr. 197/2008 (Lov nr. 521/2009). Bestemmelserne i KSL §§ 62 og 62 A om modregning af restancer og renteberegning af overskydende skat og restskat efter 1. oktober i året efter indkomståret finder ligeledes anvendelse, jf. KSL § 48 F, stk. 13.