Skattelovgivningens almindelige regler finder anvendelse med hensyn til momsens betydning for indtægter og udgifter i forbindelse med køb og salg af varer og ydelser.

Efterbetaling eller tilbagebetaling af moms skal som udgangspunkt fradrages eller beskattes i det indkomstår, momsen faktisk vedrører, dvs. det år, hvor momsen ville have haft indflydelse på indkomstopgørelsen, hvis den havde været afregnet eller beregnet korrekt, se SKM2009.451.LSR og styresignal i tilknytning hertil SKM2009.651.SKAT. Landsskatteretten fandt i sin afgørelse at selskabets krav på tilbagebetalingsbeløbet allerede var opstået på det tidspunkt, hvor virksomheden havde afregnet og betalt et forkert beløb. Hertil kom, at SKAT ikke havde bestridt tilbagebetalingskravet, og at SKAT ikke inden for rimelig tid efter, at efterreguleringskravet var fastslået, havde varslet konsekvensændringer for selskabets skatteansættelser i de indkomstår, som forhøjelserne oprindeligt vedrørte.

Hvis et efterbetalings- eller tilbagebetalingskrav har været omtvistet, gælder andre regler, se nedenfor.

 Ved et omtvistet krav forstås, at SKAT har truffet afgøørelse om et forhold, der efterfølgende er påklaget af skatteyder. Tvisten anses for endeligt afgjort, når den endelige afgørelse foreligger. Genoptagelsestilsagn udstedt af SKAT til skatteyder sidestilles med en tvist. 

I disse tilfælde skal beløbet som udgangspunkt fradrages eller beskattes i det indkomstår, hvor der er konstateret en retlig forpligtelse for den erhvervsdrivende eller SKAT til at betale det.Se TSS-cirkulære 1995-21, som omhandler den skattemæssige behandling af AMBI og TSS-cirkulære 2001-07 vedrørende tilbagebetaling af kantinemoms, se nærmere Momsvejledningen afsnit G.1.1.3. Se også Skat 1990.10.793, (TfS 1990, 454) hvor nye direktiver fra EF medførte, at udlejningsvirksomheden ikke var momspligtig. Landsskatteretten fandt, at efterbeskatning af hensatte momsbeløb som påstået af virksomheden og indstillet af Told- og Skattestyrelsen skulle foretages på tidspunktet for de nye direktiver og ikke i hensættelsesårene. Fradragene i hensættelsesårene kunne således opretholdes.

Imidlertid bør SKAT i de tilfælde, hvor der foreligger en afgørelse, der fastslår efterbetalings- eller tilbagebetalingskravet, imødekomme de erhvervsdrivende, der ønsker momsen henført til skatteansættelsen for det indkomstår, som momsen vedrører, dvs. til det år, hvor momsen ville have haft indflydelse på indkomstopgørelsen, hvis momsen havde været beregnet korrekt, ØLD af 30. nov. 1979 i skd. 54.248. Se også TfS 1995, 227, der vedrørte ejendomsskatter. Tilladelse til en sådan tilbageførsel forudsætter, at betingelserne i  SFL § 26 og 27 er opfyldt, nemlig hvor det er muligt at genoptage skatteansættelsen i henhold til de gældende frister. For indkomståret 1999 og tidligere anvendes dog de dagældende regler, hvis disse er til gunst for skatteyderen. Reglerne om ekstraordinær genoptagelse af skatteansættelsen er nærmere beskrevet i Processuelle regler for SKATs opgaver, se  afsnit A.A.8.2.3 Særligt vedrørende motorkøretøjerI momslovens § 42, stk. 1, nr. 7, er der en begrænsning i retten til at fradrage købsmomsen ved indkøb af almindelige personbiler (hvorved forstås biler til højst 9 personer) og motorcykler, Dette gælder både moms af købesum, lejebeløb og driftsudgifter, også selv om køretøjet udelukkende anvendes erhvervsmæssigt, jf. dog § 42, stk. 4.

Dette medfører, at der vil kunne foretages fradrag ved indkomstopgørelsen for den erhvervsmæssige andel af momsen på drifts- og lejeudgifter, medens momsen ved køb af bil mv. må medregnes i den anskaffelsessum, der lægges til grund ved afskrivning på køretøjet.

Der henvises i øvrigt til Momsvejledningens afsnit Q.2.