Øvrige omkostninger, der ikke udelukkende vedrører virksomhedens momspligtige eller momsfrie omsætning, er omfattet af momslovens almindelige regler om delvis fradragsret. Efter hovedreglen i momslovens § 38, stk. 1, kan der for varer og ydelser, som en momsregistreret virksomhed anvender til både momspligtige formål og andre formål i virksomheden, foretages fradrag for den del af købsmomsen, der forholdsmæssigt svarer til omsætningen i den registeringspligtige del af virksomheden.

Momsgrundlaget beregnet efter § 28, stk. 3, af det arbejde og de materialer, som efter §§ 6, stk. 2, og 7, stk. 2, sidestilles med levering mod vederlag, indgår ved beregningen af omsætningen i den registreringspligtige del af virksomheden.

For varer og ydelser, som af en momsregistreret virksomhed benyttes både til momspligtige formål og til virksomheden uvedkommende formål, kan der efter § 38, stk. 2, udelukkende foretages fradrag for den del af købsmomsen, der skønsmæssigt svarer til de pågældende varer og ydelsers fradragsberettigede brug i den registreringspligtige virksomhed.

SKAT kan efter forudgående ansøgning efter § 38, stk. 3, give tilladelse til, at fradragsretten i virksomheder med flere sektorer opgøres særskilt for hver sektor inden for virksomheden. Tilsvarende kan SKAT påbyde, at virksomheden skal foretage en sådan særskilt opgørelse for hver sektor. For en nærmere beskrivelse af § 38 henvises til J.2.1.

Som eksempel vil en virksomhed, der opfører bygninger for egen regning med henblik på salg eller udlejning, have delvis fradragsret for de udgifter til virksomhedens administration mv., som ikke udelukkende kan henføres til enten den registreringspligtige eller den ikke-registreringspligtige del af virksomheden. Det vil f.eks. kunne være udgifter til telefon, revision, regnskabsmæssig assistance, kontorudgifter, lokaleudgifter mv.

Som et andet eksempel vil en virksomhed, der udover momspligtige formål, anvender en bygning til virksomhedens momsfrie formål have delvis fradragsret efter en omsætningsfordeling ifølge § 38, stk. 1, for lys, varme, rengøring mv. i bygningen.

I SKM2009.725.SKAT præciserer SKAT praksis for anvendelse af elafgiftslovens regler om godtgørelse af elafgift for kontorhoteller. Godtgørelsen afgrænses i forhold til bilag 1 i elafgiftsloven.

Salg af fast ejendom Efter momslovens § 37, stk. 1, er der alene fradragsret for købsmoms ved indkøb mv. af varer og ydelser, der udelukkende anvendes til brug for virksomhedens leverancer, som ikke er fritaget for moms efter § 13. For indkøb mv., som anvendes både til momspligtige leverancer og til andre formål i virksomheden, kan der efter § 38, stk. 1, alene foretages delvis fradrag for købsmomsen efter en omsætningsfordeling. Ved opgørelsen af virksomheders delvise fradragsret efter § 38, stk. 1, skal indtægten ved leverancer, der er momsfrie efter § 13, indgå i omsætningen i den ikke-registreringspligtige del af virksomheden.

Levering af fast ejendom er fritaget for moms efter momslovens § 13, stk. 1, nr. 9. Fra 1. april 2002 skal salg af huse derfor ved opgørelsen af den delvise fradragsret anses for momsfri omsætning, uanset om virksomheden har foretaget byggearbejde på husene. Se TSCIR 2001-35. Om salg af større driftsmidler og fast ejendom samt bitransaktioner vedr. fast ejendom, se dog nedenfor og J.2.1.1.

I perioden indtil den 1. april 2002 kan virksomhederne fortsat undlade at anse salg af huse, som virksomheden har momsberigtiget efter reglerne om byggeri for egen regning, som momsfri omsætning, se evt. overgangsbestemmelsen i TSCIR 2001-35.

Opførelse for egen regning med henblik på salg Ved opgørelsen af den delvise fradragsret skal salg af huse, som virksomheden har opført for egen regning med henblik på salg, jf. momslovens § 6, fra 1. april 2002 derfor anses for momsfri omsætning. Afståelsessummen skal indgå i virksomhedens samlede omsætning. Momsgrundlaget ved byggeri mv. for egen regning skal indgå i den momspligtige omsætning.

Fradragsprocenten efter momslovens § 38, stk. 1:

((1.000.000+2.000.000)x100)/(6.000.000) = 50 %

I SKM2006.112.LSR har Landsskatteretten taget stilling til, om et selskabs salg af ejendomme opført for egen regning med henblik på salg skal medregnes ved opgørelsen af den delvise fradragsret efter momslovens § 38, stk. 1. Selskabet driver virksomhed med bl.a. opførelse af bygninger for fremmed regning og for egen regning med henblik på salg.

Landsskatteretten finder, at det er med rette, at moms af udgifter, der både relaterer sig til salg af ejendomme opført for egen regning med henblik på salg og selskabets virksomhed i øvrigt, er anset for omfattet af momslovens § 38, stk. 1.

Landsskatteretten finder videre, at salget af ejendomme opført for egen regning med henblik på salg ikke kan anses for bitransaktioner vedrørende fast ejendom omfattet af momslovens § 38, stk. 1, 4. pkt. Landsskatteretten finder således, at de omhandlede salg må anses for at ligge i direkte, permanent og nødvendig forlængelse af den del af selskabets virksomhed, der vedrører byggeri for egen regning med henblik på salg af fast ejendom, og at salgene således må anses for en del af selskabets hovedaktivitet, jf. herved EF-domstolens dom i sagen C-306/94 (Régie dauphinoise), præmis 22.

Kendelsen blev indbragt for domstolene og blev i den forbindelse forelagt for EF-domstolen, der i sag C-174/08, NCC Construktion Danmark A/S, slår fast, at en byggevirksomheds salg af faste ejendomme, som den har opført for egen regning, ikke kan kvalificeres som "bitransaktioner vedrørende fast ejendom", når denne aktivitet ligger i direkte, permanent og nødvendig forlængelse af selskabets afgiftspligtige aktivitet. Domstolen slår endvidere fast, at princippet om afgiftsneutralitet ikke kan være til hinder for, at en byggevirksomhed, som erlægger moms af byggeydelser, som den opfører for egen regning, ikke fuldt ud kan fradrage momsen vedrørende de generalomkostninger, der er afholdt i forbindelse med disse ydelser, når den omsætning, der følger af salget af de således opførte byggeri, er fritaget for moms.

Salg som led i virksomhedsoverdragelse En virksomheds beholdning af fast ejendom, der er opført eller under opførelse for egen regning med henblik på salg, skal anses for et aktiv i virksomheden. Sker der overdragelse af et sådant aktiv som led i en momsfri virksomhedsoverdragelse, jf. momslovens § 8, stk. 1, 3. pkt., skal vederlaget ved overdragelsen ikke medregnes til den momsfrie omsætning, jf. TSCIR 2001-35.

Salg af investeringsgode Afståelsessummen ved salg af fast ejendom, der har været anvendt til udlejning, og hvor udlejeren har været frivilligt momsregistreret efter § 51, vil efter praksis blive anset for salg af et investeringsgode, som der ses bort fra ved opgørelsen af virksomhedens momsfrie omsætning. Det er en betingelse, at der ikke er tale om egentlig erhvervsmæssig systematisk tilrettelagt opkøb mv. og salg af fast ejendom, se J.2.1.1.

Bitransaktioner vedrørende fast ejendom Enkeltstående salg af fast ejendom vil i øvrigt efter omstændighederne kunne anses for indtægt ved bitransaktioner vedrørende fast ejendom. Sådanne indtægter skal ikke medregnes til virksomhedens omsætning. Ved bitransaktioner forstås transaktioner af helt underordnet betydning eller transaktioner, der er direkte afledt af virksomhedens momspligtige aktiviteter. Et eksempel herpå er enkeltstående salg af en fast ejendom. For en nærmere beskrivelse se J.2.1.1.

Igangværende arbejderEF-domstolen har i sag C-536/03, António Jorge Lda, udtalt, at sjette momsdirektivs artikel 19, stk. 1 (nu Momssystemdirektivets artikel 174, stk. 1, og artikel 175, stk. 1), er til hinder for, at værdien af igangværende arbejder, der udføres af en afgiftspligtig person ved udøvelse af byggevirksomhed, medregnes i nævneren i den brøk, hvorved pro rata-satsen for fradraget fastsættes, når denne værdi ikke svarer til overdragelser af goder eller tjenesteydelser, som den afgiftspligtige person allerede har udført, eller som har givet anledning til, at der er udfærdiget afregninger og/eller betalt afdrag. Om dommen, se også J.2.1.1.