§ 39, stk. 2, omhandler 2 kategorier af lokaler, der ikke er omfattet af virksomhedens lokaler efter stk. 1.

For det første drejer det sig om lokaler, der anvendes som bolig for virksomhedens indehaver eller personale. Det gælder, selv om lokalerne også bruges i den pågældendes erhverv. Bestemmelsen svarer til § 42, stk. 1, nr. 2, se J.3.1.2. 

For det andet vedrører det lokaler, der bruges til udlejning, medmindre udlejningen er omfattet af en frivillig registrering efter § 51, stk. 1.

Der er derfor ikke fradragsret for købsmoms vedrørende opførelse af lokaler, der kan anses for at indgå som en del af selve boligen, herunder sædvanlige udenomsrum til beboelsen. Det gælder som nævnt, selv om lokalerne også anvendes i virksomheden, f.eks. lokaler, der er indrettet som bryggers, fyrrum, pulterrum, grovkøkken, tegnestue og lign. Det samme er tilfældet for almindelige carporte og garager, der er opført i tilslutning til boligen. Heller ikke moms af ombygnings-, reparations- og vedligeholdelsesarbejder samt drift af disse lokaler kan medregnes til den delvise fradragsret efter § 39, stk. 3, fordi lokalerne end ikke delvis anses for at vedrøre virksomheden.

Landsskatteretten har i TfS 1999, 107, truffet afgørelse om, at der ikke kunne godkendes fradrag for byggeomkostninger i forbindelse med nybygning af badeværelse, bryggers samt garage/værksted, der var opført i tilknytning til et stuehus. Landsskatteretten fandt, at bryggers og badeværelse tillige blev anvendt som bolig for virksomhedens indehaver, og at garage/værksted efter en konkret vurdering tillige måtte anses egnet til at indgå som en integreret del af den private bolig.

Landsskatteretten har i SKM2002.374.LSR anset en oversættelsesvirksomhed for berettiget til forholdsmæssigt fradrag for moms af udgifter til opførelse af ejendom. Virksomheden drives fra en ejendom, der også fungerer som privat bolig for indehaveren. Landsskatteretten fandt, at et kontorlokale må anses som udelukkende anvendt af virksomheden, mens et arkivlokale må anses for at indgå som en integreret del af indehaverens private beboelse, hvorefter der ikke kan indrømmes fradragsret for nogen del af momsen ved udgifter i forbindelse med arkivlokalet.

Vestre Landsret har i SKM2003.163.VLR stadfæstet en kendelse fra Landsskatteretten. En eneanpartshaver opførte en villa i to etager. Hovedparten af stueetagen blev udlejet til hans anpartsselskab. Eneanpartshaveren var frivilligt momsregistreret for erhvervsmæssig udlejning af fast ejendom efter momslovens § 51, omtalt i M.5.1. På baggrund af den frivillige registrering var der foretaget fradrag for moms på den del af byggeomkostningerne, som kunne henføres til den udlejede del af villaen.

Told- og skatteregionen fandt, at lokalerne med undtagelse af et enkelt kontor helt eller delvist blev anvendt til boligformål. Regionen fandt derfor, at alene det pågældende kontor kunne anses for omfattet af den frivillige registrering, og at der alene var fradrag for de byggeomkostninger, der kunne henføres til kontoret. Landsskatteretten stadfæstede regionens afgørelse.

Landsretten fandt, at eneanpartshaveren ikke havde godtgjort, at de øvrige udlejede lokaler udelukkende var opført og anvendt til erhvervsmæssig brug. Eneanpartshaveren havde derfor ikke fradragsret for momsen på byggeomkostningerne vedrørende lokalerne. Landsretten lagde vægt på, at lokalerne ikke var særligt indrettet til erhverv, og at de kun i begrænset omfang fysisk var adskilt fra eneanpartshaverens bolig på 1. sal og den del af stueetagen, som ikke var udlejet. Lokalerne var egnede til at indgå som en integreret del af den private bolig.

Landsskatterretten fandt i SKM2008.671.LSR, at reglerne i § 39 ikke er i modstrid med EU-retten, men kan opretholdes i medfør af 6. momsdirektivs artikel 17, stk. 6 (Momssystemdirektivets artikel 176).

Købsmoms vedrørende lokaler er kun fradragsberettiget, hvis lokalerne anses for opført/anvendt udelukkende til virksomhedens brug. Hvorvidt lokalerne kan karakteriseres som en del af virksomhedens lokaler, beror på en konkret vurdering i det enkelte tilfælde. I vurderingen heraf kan bl.a. indgå:

• hvorledes lokalerne er indrettet, herunder om der f.eks. er omkostningsfordyrende installationer, som indicerer, at lokalerne udelukkende anvendes erhvervsmæssigt
• om lokalerne er nødvendige for at drive virksomheden
• hvor lokalerne er placeret i forhold til den private beboelse, herunder hvorledes de er adskilt fra beboelsen
• virksomhedens karakter og omfang
• hvor virksomhedens øvrige erhvervslokaliteter ligger
• hvad disse består i
• hvor store de er
• om de lokaler, der i øvrigt indgår i boligen, svarer til en normal bolig for indehaveren og dennes familie med hensyn til størrelse, art, indretning og udstyr
• om erhvervslokalerne i en virksomhed med ansat personale er godkendt af bygningsmyndighederne/Arbejdstilsynet til erhvervsformål
• om der gives nedsættelse i beregningsgrundlaget for ejendomsværdiskatten som følge af lokalernes anvendelse til erhvervsformål.

Hvis ophold i ejendommen i momslovens forstand må anses som egentlig beboelse af en del af ejendommen, kan det ikke tillægges vægt, om ejendommen efter anden lovgivning ikke må benyttes til beboelse, og/eller om ejendommens indretning gør den mindre egnet til beboelse.