Der kan under visse forudsætninger ske registrering med tilbagevirkende kraft, dvs. med virkning fra det tidspunkt, hvor den pågældende ejendom blev købt eller opført, jf. nedennævnte retningslinier, som er offentliggjort i TfS 1996, 633.

Ved vurderingen heraf er det ved ansøgninger vedrørende ejendomsudlejning afgørende, om der på ansøgningstidspunktet allerede er påbegyndt udlejning (som ifølge sagens natur må være momsfri). Registreringstidspunktet har betydning for fradragsretten.

Det er en betingelse for tilladelse til registrering med tilbagevirkende kraft, at der ikke  - inden registreringsansøgningen indgives - er påbegyndt udlejning (uden moms).

Udlejning er ikke påbegyndt Hvis udlejning (uden moms) endnu ikke er påbegyndt, har udlejer ikke tilkendegivet, om der skal være tale om momsfri eller momsbelagt udlejning, og der er derfor intet til hinder for, at registreringen sker med tilbagevirkende kraft.  

Det er endvidere en betingelse, at ejendommen ikke har været taget i brug til andre formål.

Hvis der tillades registrering med tilbagevirkende kraft, er der momsfradragsret efter de almindelige regler i momsloven, jf. § 37, stk. 1, i momsbekendtgørelsen.

Hvis der ansøges om frivillig momsregistrering for udlejning allerede fra byggeriets start, er det en betingelse for at kunne anvende fradragsretten under opførelsen mv., at told- og skatteforvaltningen godkender en erklæring fra udlejer (bygherren) om, i hvilket omfang ejendommens lejemål er omfattet af registreringen. Dette følger af § 37, stk. 2, i momsbekendtgørelsen.

Udlejning er allerede påbegyndt Hvis ejendommen på ansøgningstidspunktet udlejes uden moms på huslejen, kan registrering tidligst ske med virkning fra ansøgningstidspunktet. Udgifterne i forbindelse med køb/opførelse mv. kan kun fratrækkes efter bestemmelsen i momslovens § 43, stk. 3, nr. 2, om regulering af investeringsgoder (anskaffet den 1. juli 1994 eller senere), der ved anskaffelsen ikke har givet ret til fradrag. Der er således ikke fuld fradragsret, idet fradraget reguleres i forhold til reguleringsperiodens start (ejendommens anskaffelse/ibrugtagning) og beregnes i forhold til hvilke udgifter ved køb/opførelse, der kan anses at vedrøre de nu momsregistrerede erhvervslejemål.

Ændring i omfanget af den frivillige registrering Hvis der sker ændringer i omfanget af den frivillige registrering, fordi lejemål ikke længere udlejes eller forsøges udlejet til erhvervsmæssige formål, skal der ske regulering af købsmomsen, jf. § 38, stk. 2, i momsbekendtgørelsen.

Reguleringsperioden for den faste ejendom begynder i det regnskabsår, hvor ejendommen tages i brug, jf. momslovens § 44, stk. 1. Ved opførelse af fast ejendom til udlejning anses (hele) ejendommen for at være taget i brug, når første udlejning finder sted.

Registrering for køb/opførelse mv. til salg Ansøgninger om frivillig registrering af køb og opførelse mv. af fast ejendom samt byggemodning af jord med henblik på salg til registreret virksomhed kan ske med tilbagevirkende kraft. Tilbagebetalingen af momsen sker efter reglerne i momsbekendtgørelsens § 39, stk. 2.