Reglerne om, hvordan registrerede virksomheder skal opgøre momsperiodens tilsvar, den udgående moms (salgsmoms) og den indgående moms (købsmoms) fremgår af lovens § 56.

Periodens momstilsvar beregnes som forskellen mellem virksomhedens salgsmoms og købsmoms. Momstilsvaret afregnes efter bestemte regler, se P.2.1.

Overstiger købmomsen for en momsperiode salgsmomsen for samme periode, udbetales forskelsbeløbet efter reglerne i opkrævningsloven § 12.

Har virksomheder erhvervelser af varer fra andre EU-lande, hvoraf der skal beregnes erhvervelsesmoms, indførsel af lande fra steder uden for EU, hvoraf der skal betales importmoms, fraførsler fra afgiftsoplag eller køb køb af ydelser fra udlandet, der er omfattet af omvendt betalingspligt efter lovens § 46, stk. 1, nr. 1-3 og 5, eller indenlandske køb, der er omfattet af omvendt betalingspligt efter lovens § 46, stk. 1, nr. 4 og 6, skal afgiften heraf afregnes sammen med salgsmomsen. I det omfang, virksomheden har fradragsret for moms, fordi varen eller ydelsen skal anvendes i den registrerede virksomhed, kan momsen samtidig trækkes fra som indgående moms på momsangivelsen. 

SKM2010.302.BR - Én i et interessentskab drevet restaurationsvirksomhed havde efter virksomhedens ophør krav på tilbagebetaling af moms. En medarbejder fra Skat oplyste pr. e-mail til sagsøgeren, som var den ene af to interessenter, at beløbet ville blive udbetalt til hende. Beløbet blev i stedet fremsendt pr. check til virksomhedens registrerede adresse, hvor den anden interessent havde bopæl. Den anden interessent indløste efterfølgende checken. Sagsøgeren gjorde gældende, at hun havde krav på at få beløbet betalt af SKAT. Med henvisning til at momstilsvaret efter momslovens § 56, stk. 1, og opkrævningslovens § 12, tilkom virksomheden, fandt retten, at der ikke var hjemmel til at udbetale tilgodehavendet til sagsøgeren. Herved bemærkede retten, at medinteressenten ubestridt ikke havde meddelt samtykke til, at beløbet kunne udbetales til sagsøgeren. Retten udtalte videre, at sagsøgeren ikke kunne støtte ret på medarbejderens løfte til hende, da løftet var i strid med de nævnte lovbestemmelser. Da udbetalingen af momstilsvaret var sket i overensstemmelse med reglerne herom, fandt retten desuden ikke, at Skat havde begået ansvarspådragende fejl, som havde bevirket et økonomisk tab for sagsøgeren.SKAT blev herefter frifundet.