EMCS skal ikke bruges ved transport af karburatorvæske under KN kode 3811 til og fra andre EU-lande samt ved transport af visse smøreolielignende produkter under KN kode 27.10.19.71 - 27.10.19.99 til og fra andre EU-lande, selvom der skal betales dansk afgift ved forbrug i Danmark.

For smøreolieprodukter under KN kode 27.10.11 - 27.10.19.69 skal EMCS dog bruges og virksomhederne skal registreres for EU-handel med visse mineralolieprodukter blanket [23.016]. Disse produkter er nærmere oplistet i Bekendtgørelse nr. 1406 af 4. december 2010 om dokumentation for afgiftsgodtgørelse for olie og gas anvendt til landbrugsaktiviteter og for benzin anvendt til sejlads samt administrative regler for virksomheder og varetransport til eller fra andre EU-lande.