Hvis transporten ikke opfylder de krav, som er nævnt i afsnit G.A.3.2.2.3.4 "Indholdsmæssige krav til transporten", skal transporten afvises af SKAT. Dette gælder fx, hvis transporten er givet inden udløbet af den periode, transporten vedrører. Hvis transporthaver ønsker at få noteret en transport i den foreliggende situation, må transporthaver indhente en ny transport, når perioden er udløbet.

SKAT skal returnere dokumenterne til anmelderen og angive årsagen til afvisningen. I forbindelse med afvisningen skal der gives klagevejledning til Landsskatteretten.

Hvis transporten sendes på ny i berigtiget stand, og den herefter kan noteres, skal den noteres i Det Centrale Fordringsregister fra det tidspunkt, den opfyldte formkravene, dvs. ikke fra det første anmeldelsestidspunkt.

Hvis transporten ikke opfylder mindre væsentlige formkrav, som ikke berører dens gyldighed, kan SKAT notere transporten og samtidig meddele anmelderen, at noteringen sker under forudsætning af, at der inden en nærmere fastsat frist sker berigtigelse af de manglende formkrav. I disse tilfælde skal SKAT meddele, at hvis berigtigelsen ikke er sket inden en nærmere angivet frist, vil fordringen blive slettet fra registret. Sådanne sager, der registreres foreløbigt, skal registreres i Det Centrale Fordringsregister så der ikke sker fejludbetalinger, hverken til anmelderen eller til transportgiveren.