EU-Kommissionen, EU-landene samt de fælles forsendelseslande besluttede på baggrund af den tiltagende svindel på forsendelsesområdet i 1997, at der skulle indføres et elektronisk forsendelsessystem (NCTS - New Computerized Transit System), og Danmark tilsluttede sig fuldt ud til NCTS den 15. juni 2003. Den 25. september 2005 blev der i NCTS implementeret et garantisystem (GMS - Guarantee Management System), se nedenfor i afsnittet om Sikkerhedsstillelse i NCTS.

Danmark bruger det system, som Kommissionen stillede til rådighed for interesserede lande i forsendelseskonventionen. Systemet kaldes MCC (Minimal Common Core). Systemet er et selvstændigt system, der ikke er integreret i det danske eksport- og importsystem.

Det elektroniske forsendelsessystem (NCTS) omfatter samtlige forsendelser, der påbegyndes i Konventionslandene. En virksomhed kan kun sende varer i forsendelsesproceduren, hvis den er tilsluttet det elektroniske forsendelsessystem.

Transitsystemet (NCTS) omfatter hovedsageligt vejtransport, men også andre transportformer kan bruge den elektroniske forsendelsesangivelse. Det drejer sig fx om flytransport af T-1-varer, og hvor flyselskabet ikke har tilladelse til den forenklede procedure (flymanifestet anvendes som forsendelsesangivelse).

Jernbanetransport under ledsagelse af et CIM-fragtbrev samt luftfragt og søtransport under manifestproceduren er indtil videre ikke omfattet af NCTS. Det forventes at de systemmæssige tilpasninger af NCTS i forbindelse med EUTK og de dertil hørende gennemførelsesretsakter; DF og GF, vil være på plads i 2019. For så vidt angår de forenklede regler for skibe og fly, er anvendelsen af elektronisk manifest planlagt til at kunne effektueres 1. maj 2018. For den papirbaserede håndtering af EU-forsendelsesprocedure for jernbane, luftfragt og søtransport, så gælder de gamle regler frem til opgraderingen af NCTS, der forventes færdig i 2019.

Varerne skal under hele transporten - fra afgangstoldstedet eller en godkendt afsender til bestemmelsestoldstedet eller en godkendt modtager - være ledsaget af et ledsagedokument, der er en udskrift af den elektroniske angivelse, samt den eventuelle tilhørende varepostliste.