De skattepligtiges krav på udbetaling af omkostningsgodtgørelse efter reglerne i skatteforvaltningslovens kapitel 19 var inden ikrafttrædelsen af den nye forældelseslov pr. 1. januar 2008 omfattet af den tidligere 20 års forældelsesfrist. Fra og med 1. januar 2008 er krav på omkostningsgodtgørelse, herunder også krav stiftet inden dette tidspunkt, omfattet af forældelseslovens 3 års frist, der løber fra det tidligste tidspunkt, hvor kravet kunne kræves betalt, jf. forældelseslovens § 2, stk. 1. Det følger endvidere af reglen i skatteforvaltningslovens § 54, stk. 1, at der er adgang til løbende at anmode om udbetaling af omkostningsgodtgørelse,  blot den godtgørelsesberettigede udgift er betalt eller skal betales.

Der er på den baggrund rejst spørgsmål om, fra hvilket tidspunkt 3 års fristen skal regnes, hvis den skattepligtige udnytter retten til at anmode om løbende udbetaling af omkostningsgodtgørelse inden afslutningen af den godtgørelsesberettigede sag. Spørgsmålet er altså, om forældelseslovens 3 års frist  i givet fald allerede løber fra de respektive tidspunkter, hvor der er mulighed for at anmode om løbende deludbetalinger af omkostningsgodtgørelse. 

Det er SKATs opfattelse, at igangsættelse af fristen i forældelsesloven  forudsætter, at der er tale om et endeligt opgjort krav. Denne forudsætning er ikke til stede for så vidt angår løbende udbetalinger af omkostningsgodtgørelse, der er sket inden afslutningen af den godtgørelsesberettigede sag. Sådanne udbetalinger har karakter af á conto udbetalinger, idet den endelige opgørelse af kravet på omkostningsgodtgørelse først kan ske, når den godtgørelsesberettigede sag er endeligt afsluttet.

Det kan derfor fastslås, at krav på omkostningsgodtgørelse først forældes 3 år fra det tidspunkt, hvor den godtgørelsesberettigede sag er endeligt afsluttet. Hvis den godtgørelsesberettigede sag har været påklaget eller indbragt for domstolene, kan den godtgørelsesberettigede sag først anses for endeligt afsluttet, når klage- eller domstolssagen er færdigbehandlet og fristen for prøvelse ved næste instans er udløbet.