Inden for en afregningsperiode kan en virksomhed opleve, at godtgørelsesbeløbet for energiafgifter og CO₂-afgift er større end virksomhedens øvrige skatte- og afgiftspligtige betaling til Skattestyrelsen. I sådanne situationer kan virksomheden få udbetalt forskellen mellem godtgørelsesbeløbet og det skyldige beløb. Se OPKL § 12, som der henvises til i de enkelte energiafgiftslove.

For angivelser, der er modtaget i rette tid, sker udbetalingen senest tre uger efter, at Skattestyrelsen har modtaget angivelsen for den pågældende periode. Se OPKL § 12, stk. 2. Afgiftsbeløb på under 50 kr. udbetales dog ikke. Se OPKL § 12, stk. 1, 3. pkt.

Hvis Skattestyrelsen ikke kan kontrollere angivelsen på grund af virksomhedens forhold, fx ferielukning, bortrejse eller ikke ajourført regnskab, så afbrydes udbetalingsfristen på tre uger, indtil virksomhedens forhold ikke længere hindrer Skattestyrelsens adgang til kontrol.

Det er en betingelse for udbetalingen, at Skattestyrelsen har modtaget momsangivelser for tidligere afgiftsperioder efter momsloven. Hvis virksomheden skylder moms og eventuelle renter m.m. fra tidligere momsperioder, vil denne gæld blive modregnet ved udbetalingen.

Hvis virksomheden efter opkrævningsloven skylder andre beløb til statskassen i form af skatter og punktafgifter mv., kan en sådan gæld også modregnes i godtgørelsen. Se OPKL § 12, stk. 4.