Reglerne finder anvendelse i hele Unionens toldområde, herunder deres søterritorium, indre farvande og luftrum. Der er dog visse undtagelser. Disse forbehold udgør internationale retsakter og konventioner, ligesom EU-reglerne også kan finde anvendelse udenfor EU, med baggrund i disse konventioner m.fl.

I kodeksen er der også indført rammer for, hvordan visse bestemmelser i toldlovgivningen, herunder forenklinger, finder anvendelse på varehandelen med EU-varer. Disse bestemmelser finder anvendelse på handelen mellem de steder og områder indenfor Unionens toldområde, hvor Rådets direktiv 2006/112/EF (momsdirektivet) eller direktiv 2008/118/EF (cirkulationsdirektivet) finder anvendelse, men også for de dele af Unionens toldområde, hvor direktiverne ikke gælder. Således finder nogle bestemmelser altså anvendelse i handlen mellem områder, der er dækket af moms- og cirkulationsdirektiverne, og områder der ikke er dækket, ligesom de kan finde anvendelse i handlen internt i de områder, der ikke er dækket.

Se også art. 5-7 i momsdirektivet samt art. 5-6 i cirkulationsdirektivet.