Ved lov nr. 1386 af 20. december 2004 blev AL §§ 40 A og 40 B (begge indsat ved lov nr. 464 af 9. juni 2004) ændret således, at bestemmelserne, der tidligere alene omfattede henholdsvis CO₂-kvoter og sildekvoter, har fået et indhold, hvorved der sker en generel regulering af de skattemæssige forhold vedrørende kvoter.

Der gælder dog andre regler for mælkekvoter. I AL § 40 C, der endnu ikke er trådt i kraft, fastsættes der en særlig ordning for mælkekvoter, der erhverves den 1. januar 2005 eller senere. AL § 40 C omfatter også mælkekvoter, der er erhvervet eller tildelt inden den 1. januar 2005, hvis der ved afståelsen ikke skal ske regulering af anskaffelsessummen for en fast ejendom med henholdsvis anskaffelses- og afståelsessummen for mælkekvoten efter ejendomsavancebeskatningsloven. Der gælder også andre regler for leveringsrettigheder for sukkerroer (sukkerkvoter), idet disse behandles efter doms- og landsskatteretspraksis, se E.A.2.1.3 og E.E.4.9.4.

AL § 40 A vedrører engangskvoter, mens AL § 40 B omhandler løbende kvoter. Loven omfatter både omsættelige kvoter, dvs. kvoter, som skatteyderen kan handle med, og kvoter, der ikke er omsættelige. De generelle regler for kvoter i AL §§ 40 A og 40 B har virkning fra og med 1. januar 2005. For så vidt angår sildekvoter, har AL § 40 B i sin oprindelige formulering virkning fra og med 1. januar 2003 til og med 31. december 2004.

Det bestemtes i § 5 i lov nr. 464 af 9. juni 2004, at skatteministeren fastsætter tidspunktet for lovens ikrafttræden, mens det i § 8 i lov nr. 1386 af 20. december 2004 bestemmes, at skatteministeren fastsætter tidspunktet for lovens eller dele af lovens ikrafttræden. I bekendtgørelse nr. 913 af 30. september 2005 har skatteministeren bestemt, at AL § 40 B som affattet ved § 1, nr. 1, i lov nr. 464 af 9. juni 2004, træder i kraft den 6. oktober 2005. Endvidere har han bestemt, at AL §§ 40 A og 40 B, som affattet ved § 1, nr. 1, i lov nr. 1386 af 20. december 2004, træder i kraft den 6. oktober 2005.

Ved lov nr. 1386 af 20. december 2004, blev AL § 40 C indsat i afskrivningsloven. Denne bestemmelse indeholder regler for den skattemæssige behandling af betalingsrettigheder og visse mælkekvoter, jf. om mælkekvoter ovenfor. Skatteministeren fastsætter tidspunktet for disse reglers ikrafttræden, når der er sket notifikation over for EU.

Engangskvoter/løbende kvoter

I almindelighed vil en kvote være en forudsætning for at drive erhvervsvirksomhed inden for det område, som kvoten vedrører. Dette er f.eks. tilfældet for fiskekvoter og CO₂-kvoter.

Afskrivningsloven skelner mellem engangskvoter og løbende kvoter.

En engangskvote er en kvote, der - eventuelt inden for en afgrænset periode - kan bruges frit af den skattepligtige uden bindinger i forhold til delperioder som f.eks. pr. år eller pr. måned. Dette gælder også, selv om kvoterne er tildelt efter tidsbegrænsede ordninger, og selv om kvoterne ved udløb af ordningen ikke kan overføres til den følgende delperiode, f.eks. det følgende år. Sådanne kvoter er omfatttet af AL § 40 A.

En løbende kvote har form af en løbende ret til at producere m.v. en vis mængde pr. periode, f.eks. pr. år eller pr. måned, hvor en uudnyttet del af kvoten pr. delperiode ikke kan overføres til den efterfølgende delperiode (se dog nedenfor). Sådanne kvoter - bortset fra mælkekvoter og leveringsrettigheder for sukkerroer - er omfattet af afskrivningslovens § 40 B.

Det er kvoteordningens overordnede struktur, der skal lægges til grund ved bedømmelsen af, hvilken kvotetype, der er tale om. Det vil sige, at eventuelle muligheder for at dispensere fra hovedreglerne i en kvoteordning ikke er afgørende ved klassifikationen. Ved afgrænsningen af, hvilken type kvote der er tale om, er det ikke afgørende, hvilken enhed rettigheden opgøres i. Der kan således både være tale om mængder af fysiske enheder som kg, ton m.v., relative fysiske enheder som f.eks. en mængde pr. kubikmeter eller rettigheder opgjort i pengemæssig værdi som f.eks. en ret til at fange for 100.000 kr. af en bestemt type fisk.

Hvis en kvoteindehaver f.eks. benytter sig af en mulighed for efter ansøgning at overføre en uudnyttet del af en løbende kvote til et efterfølgende år, giver det ikke umiddelbart anledning til skattemæssigt at omklassificere den konkrete kvote fra løbende kvote til engangskvote. I et sådant tilfælde vil den skattemæssige afskrivningsprofil for løbende kvoter blive anvendt, indtil anskaffelsessummen er afskrevet fuldt ud. Det kan dog ikke udelukkes, at en kvotetype, der formelt og overordnet fremtræder som en løbende kvote, men som ved meget udbredt anvendelse af dispensationsmuligheder i praksis administreres som en engangskvote, skattemæssigt vil blive klassificeret som en engangskvote.