Der betales som hovedregel afgift af alt affald, der tilføres en registreringspligtig virksomhed, uanset anvendelsen af affaldet. Der betales også afgift af affald, der ikke er omfattet af kommunernes anvisningspligt. Undtagelserne til afgiftspligten fremgår af § 9, stk. 3 og 4, jf. G.3.5.