SKATs Hovedcenter udgiver 4 gange årligt en lønsumsafgiftsvejledning, som er en samling af de gældende regler på området. Vejledningen er opbygget efter lønsumsafgiftslovens systematik.

Vejledningens formål er at være en hjælp i det praktiske arbejde med regler vedr. lønsumsafgift, for både skattecentre, virksomheder og deres revisorer, advokater m.fl. i arbejdet med at sikre en korrekt afregning af lønsumsafgift.

Vejledningen er udtryk for SKATs opfattelse af gældende praksis og giver en udførlig beskrivelse af reglerne. Der er i teksten bl.a. henvist til de love og bekendtgørelser, der er relevante for lønsumsafgiftsloven.

Det har ifølge SKAT´s praksis været tilladt, at et negativt afgiftsbeløb som følge af virksomhedens underskud opgjort efter reglerne i lønsumsafgiftslovens § 4, stk. 1, er større end lønsummen, kan overføres til næste årsangivelse. Lønsumsafgiftsloven er nu ændret, så der er skabt lovhjemmel til denne praksis med underskudsfremførsel.

Landsskatteretten har afsagt kendelse om adgangen i lønsumsafgiftsbekendtgørelsens § 1, stk. 3, til at opgøre tilskudsprocenten i stk. 2 alene for tilskudsberettigede aktiviteter.