Under visse forudsætninger kan momspligtige personer og andre få godtgørelse for moms, som er betalt her i landet. Det drejer sig om momspligtige personer, der ikke er etableret her i landet (§ 45, stk. 1). Herudover ydes momsgodtgørelse til fremmede staters herværende ambassader, internationale organisationer mv. (§ 45, stk. 2), transportvirksomheder (§ 45, stk. 3), forsikrings- og genforsikringsvirksomhed og finansielle aktiviteter (§ 45, stk. 4), humanitære organisationer (§ 45, stk. 5) og ved indførsel, hvor betingelserne for toldgodtgørelse er til stede (§ 45, stk. 6). Der er i momsbekendtgørelsens kapitel 8 fastsat nærmere regler vedrørende udbetaling af godtgørelsen efter lovens § 45, stk. 1 og stk. 3-5.
 
I forbindelse med godtgørelse af merværdiafgiften på passagen af den faste forbindelse over Øresund er der indgået aftale med Sverige om, at tilbagebetaling af såvel den danske som den svenske merværdiafgift til udenlandske virksomheder skal ske i Sverige (§ 45, stk. 8 og bekendtgørelse nr. 30 af 24. maj 2000).