Garantisystemet, der er det andet af TIR-konventionens grundelementer, skal sikre, at told og afgifter af det gods, der medføres under transporterne, til enhver tid er dækket af en national garantiorganisation. 
Hver enkelt national garantiorganisation, der repræsenterer transportørerne i et land, garanterer inden for dette lands grænser for betaling af told og afgifter, som måtte blive skyldige, hvis der opstår uregelmæssigheder i forbindelse med en TIR-transport.