Grundlaget for beskatning af den del af indkomsten i et rederi, der kan beskattes efter tonnageskatteordningen, er ikke indtægt minus udgift, men derimod størrelsen af den tonnage, som er omfattet af ordningen.

For skibe m.v. omfattet af tonnageskatteordningen opgøres den skattepligtige indkomst på grundlag af nettotonnagen. Den skattepligtige indkomst udgør for hvert skib følgende grundbeløb pr. 100 nettoton (NT) pr. påbegyndt døgn, uanset om skibet er i drift eller ej:

Grundbeløbene for indkomståret 2006 og tidligere indkomstår udgør:

1.  Til og med 1.000 NT - 7 kr. pr. 100 NT

2.  Fra 1.001 NT til og med 10.000 NT - 5 kr. pr. 100 NT

3.  Fra 10.001 NT til og med 25.000 NT - 3 kr. pr. 100 NT

4.  Mere end 25.000 NT - 2 kr. pr. 100 NT

Grundbeløbene for indkomståret 2007 og senere indkomstår udgør:

1.  Til og med 1.000 NT - 7,8 kr. pr. 100 NT

2.  Fra 1.001 NT til og med 10.000 NT - 5,6 kr. pr. 100 NT

3.  Fra 10.001 NT til og med 25.000 NT - 3,35 kr. pr. 100 NT

4.  Mere end 25.000 NT - 2,2 kr. pr. 100 NT

Det beløb, der herved fremkommer ved anvendelsen af denne skala, udgør rederiets skattepligtige indkomst af den del af rederiets virksomhed, der er omfattet af tonnageskatteordningen. Denne indkomst beskattes med den til enhver tid gældende selskabsskattesats (25% gældende for indkomståret 2007).

Eksempel:

 Skib på 1.200 nettoton (NT):    
 Til og med 1.000 NT - 7,8 kr. pr. 100 NT:   1.000/100 x 7,8 kr. i 365 dage 28.470 kr.
 Fra 1.001 NT til og med 1.200 NT - 5,6 kr. pr. 100 NT:  200/100 x 5,6 kr. i 365 dage    4.088 kr.
 I alt skattepligtig indkomst     32.558 kr.
     
 Heraf betales selskabsskat med 25 %: 25% x 32.500 kr.    8.125 kr.

Eksempel:

 Skib på 8.900 nettoton (NT):    
 Til og med 1.000 NT - 7,8 kr. pr. 100 NT:   1.000/100 x 7,8 kr. i 365 dage 28.470 kr.
 Fra 1.001 NT til og med 8.900 NT - 5,6 kr. pr. 100 NT:  7900/100 x 5,6 kr. i 365 dage 161.476 kr.
 I alt skattepligtig indkomst     189.946 kr.
     
 Heraf betales selskabsskat med 25 %: 25% x 189.900 kr.    47.475 kr.

Som følge af lovændring nr. 525 af 12. juni 2009 i lovens § 18, blev satserne reguleret med virkning fra indkomståret 2010, idet satserne i tonnageskatteordningen har ikke været reguleret som følge af inflationen siden dens indførsel i 2001. Der blev dog foretaget en regulering af satserne i 2007, men denne regulering skyldtes den samtidige nedsættelse af selskabsskattesatsen.

Grundbeløbene for indkomståret 2010 og senere indkomstår udgør:

1. Til og med 1.000 NT - 8,97 kr. pr. 100 NT

2. Fra 1.001 NT til og med 10.000 NT - 6,44 kr. pr. 100 NT

3. Fra 10.001 NT til og med 25.000 NT - 3,85 kr. pr. 100 NT

4. Mere end 25.000 NT - 2,53 kr. pr. 100 NT.

Der kan ikke foretages fradrag for driftsudgifter eller afskrivninger i den indkomst, der opgøres på grundlag af anvendt tonnage. Er der tale om udgifter, der både vedrører den virksomhed, der beskattes efter denne lov, og anden virksomhed, fordeles udgifterne forholdsmæssigt efter den samlede bruttoindtjening før afskrivninger og finansielle poster opgjort efter skattelovgivningens almindelige regler. Dette gælder eksempelvis udgifter til ledelse og administration.
For spørgsmålet om beskatning af avancer og genvundne afskrivninger ved afhændelse af skibe eller andre aktiver omfattet af tonnageskatteordningen henvises til afsnit S.C.8.5.

Ved opgørelsen af den skattepligtige indkomst skal rederier, som ønsker at anvende tonnageskatteordningen, opfylde en række krav vedr. afgrænsningen af den indkomst, der kan tonnagebeskattes. Se afsnit S.C.8.4.2 og frem.