Det er et krav, at rederierne i enhver henseende ved opgørelse af den indkomst, der kan beskattes efter tonnageskatteordningen, anvender det såkaldte arms længde-princip, således som dette er omhandlet i ligningslovens § 2, stk. 1.

Rederiselskaber er som alle andre selskaber omfattet af bestemmelserne om anvendelse af arms længde-princippet i ligningslovens § 2. Disse regler er på to områder suppleret vedrørende indkomstopgørelsen for tonnagebeskattede rederier.

Efter de generelle arms længde-regler skal koncernforbundne foretagender ved opgørelsen af den skattepligtige indkomst anvende de priser og vilkår for handelsmæssige eller økonomiske transaktioner, som kunne have været opnået, hvis transaktionerne var afsluttet mellem uafhængige parter. Overholdes arms længde-princippet ikke, kan skattemyndighederne ændre indkomstansættelserne til det, de ville have været, hvis de koncernforbundne selskaber havde handlet indbyrdes på markedsvilkår.

Bestemmelserne er suppleret med særlige oplysningsforpligtelser over for skattemyndighederne, jf. skattekontrollovens § 3 B, således at den fornødne gennemsigtighed kan opnås. Da tonnagebeskattet indkomst ikke skal opgøres på grundlag af faktiske transaktioner, men på grundlag af et tonnagemål, vil der ikke nødvendigvis være det tilstrækkelige grundlag for, at skattemyndighederne vil kunne kontrollere, om arms længde-kriteriet er opfyldt. Det er derfor i tonnageskattelovens § 13 fastsat, at arms længde-princippet gælder uanset de særlige bestemmelser om opgørelse af indkomst under tonnageskatteordningen.