Vestre Landsret fastslog i 2009, at begreberne momsgodtgørelse og momsfradrag ikke kan anses for at være synonyme. En momsgodtgørelse efter ML § 45, stk. 4, kunne derfor ikke sidestilles med et momsfradrag og dermed give adgang til godtgørelse af energiafgift og CO₂-afgift for en virksomhed, der drev momsfritaget virksomhed. Se SKM2009.466.VLR og kendelser fra Landsskatteretten i afgørelsesskemaet til afsnit E.A.4.6.1.8 om momsregistreret virksomhed.

Ved LOV nr. 277 af 27/03 2012 "Lov om ændring af lønsumsafgiftsloven, momsloven, opkrævningsloven, lov om offentligt hasardspil i turneringsform og forskellige andre love" er godtgørelsesbestemmelserne ML § 45, stk. 3 og 4, ophævet pr. 01/04 2012 og i stedet overført til momslovens kapitel 9 om fradrag. Se ML § 37, stk. 7 og 8.

Samtidig blev der i ELAL § 11, stk. 16 (nu stk. 5), GASAL § 10, stk. 2, KULAL § 8, stk. 2, og MINAL § 11, stk. 2, indsat bestemmelser om, at godtgørelse af de pågældende energiafgifter ikke omfatter aktiviteter nævnt i ML § 37, stk. 7 og 8.

Loven er således med til at præcisere gældende ret om, at kun virksomheder med momspligtige aktiviteter kan opnå godtgørelse for energiafgifter i det omfang, som virksomhederne har fradragsret for moms på indkøbte energiprodukter og varme.