Ifølge § 37, stk. 1, kan registrerede virksomheder ved opgørelsen af afgiftstilsvaret fradrage momsen af virksomhedens indkøb mv. af varer og ydelser, der udelukkende anvendes til brug for virksomhedens leverancer, som ikke er fritaget for moms efter § 13, herunder leverancer udført i udlandet.

Den fradragsberettigede moms er momsen af virksomhedens indkøb eller den moms, som virksomheden i øvrigt skal betale for varer og ydelser, jf. afsnit J.1.2, der anvendes i forbindelse med virksomhedens momspligtige leverancer, dvs. i forbindelse med driften af den momspligtige virksomhed. Det gælder også leverancer udført i udlandet.

Der er således ikke fradragsret for varer og ydelser, der ikke kan anses for indkøbt mv. af virksomheden.

EF-domstolen har i sagerne C-338/98 og C-33/03 fundet, at en nederlandsk henholdsvis en britisk ordning, var i modstrid med 6. momsdirektiv. Efter ordningerne havde momspligtige arbejdsgivere fradragsret for godtgørelser til ansatte, som skulle dække de ansattes udgifter til benzin i forbindelse med kørsel i de ansattes køretøjer, men i arbejdsgiverens interesse.

Derimod fandt EF-domstolen i sag C-165/86, Intiem CV, at en momspligtig arbejdsgiver havde fradragsret for indkøb af varer i eget navn fra en momspligtig leverandør, selvom varerne fysisk blev leveret til arbejdsgiverens ansatte, når de ansatte udelukkende anvendte varerne under arbejdet for arbejdsgiverens virksomhed, og leverandøren fakturerede arbejdsgiveren for indkøbet.

Det er ikke afgørende for fradragsretten, om virksomheden rent faktisk skal betale moms af sine momspligtige leverancer. Indkøb til brug for eksport eller andre leverancer mv. til 0-sats, jf. §§ 14-21 og 34, er derfor fuldt fradragsberettigede.

Der er derimod ikke fradragsret for indkøb mv. til brug for leverancer af varer og ydelser, der er fritaget for moms efter § 13. Det betyder bl.a., at den finansielle sektor i vidt omfang ikke kan fratrække momsen på sine indkøb.

Der er kun fuld fradragsret, hvis indkøbene mv. udelukkende anvendes til brug for den registreringspligtige virksomhed. Hvis indkøb også anvendes til andre formål, f.eks. til brug for ikke registreringspligtig virksomhed, er der kun delvis fradragsret efter reglerne i §§ 38-41, jf. afsnit J.2.

EF-domstolen har i præmis 32 i dommen i sag C-378/02, Waterschap Zeeuws Vlaanderen, udtalt, at det følger af bestemmelserne i sjette momsdirektivs artikel 2 og 17 (nu Momssystemdirektivets artikler 2 samt 167-177), at kun en person, der er en afgiftspligtig person, og som optræder i denne egenskab på det tidspunkt, hvor godet erhverves, har ret til fradrag vedrørende dette gode og kan fratrække moms, der skyldes eller er erlagt for dette gode, hvis godet anvendes i forbindelse med hans afgiftspligtige transaktioner (jf. for så vidt angår sjette direktivs artikel 17, dom af 11.7.1991, sag C-97/90, Lennartz, Sml. I, s. 3795, præmis 8).

EF-domstolen har i sag C-435/05, Investrand BV, udtalt, at udgifter til rådgivningsydelser, som en afgiftspligtig person har erhvervet med henblik på at fastsætte størrelsen af en fordring, som udgør en del af dennes formue, og som hidrører fra et salg af aktier, som er foretaget før den pågældende blev momspligtig, ikke giver ret til at fradrage den herfor erlagte moms, når der ikke foreligger omstændigheder, der godtgør, at det er den økonomiske virksomhed, som den afgiftspligtige person udfører i sjette direktivs forstand, der er årsag til erhvervelsen af ydelserne, og omkostningerne ved rådgivningen ikke har nogen direkte og umiddelbar tilknytning til denne virksomhed.

EF-domstolen har den 21.februar 2006 afsagt dom i C-255/02, Halifax plc. Domstolen har i dommen bl.a. konkluderet følgende: "Sjette direktiv skal fortolkes således, at det ikke giver afgiftspligtige personer ret til at fradrage indgående merværdiafgift, når de transaktioner, der begrunder denne ret, udgør et misbrug. Konstatering af et misbrug kræver for det første, at de omhandlede transaktioner - selv om de betingelser formelt er overholdt, der er fastsat i de relevante bestemmelser i sjette direktiv og i den nationale lovgivning til gennemførelse af direktivet - ville indebære opnåelse af en afgiftsfordel, som det ville stride mod formålet med disse bestemmelser at tildele. For det andet skal det tillige fremgå af en samlet række objektive omstændigheder, at hovedformålet med de omhandlede transaktioner er at opnå en afgiftsfordel." Der henvises til afsnit C.4

Den 12. januar 2006 har EF-domstolen afsagt dom i de forenede sager C-354/03, C-355/03 og C-484/03, Optigen Ltd, Fulcrum Electronics Ltd og Bond House Systems Ltd. Domstolen har i dommen bl.a. konkluderet følgende: "Transaktioner som de i hovedsagen omhandlede, med hensyn til hvilke der ikke i sig selv er begået momssvig, udgør leveringer af goder foretaget af en afgiftspligtig person, der optræder i denne egenskab, og er en økonomisk virksomhed i den forstand, hvori dette udtryk er anvendt i artikel 2, nr. 1, artikel 4 og artikel 5, stk. 1, i Rådets sjette direktiv 77/388/EØF af 17. maj 1977 om harmonisering af medlemsstaternes lovgivning om omsætningsafgifter - Det fælles merværdiafgiftssystem: ensartet beregningsgrundlag, som ændret ved Rådets direktiv 95/7/EF af 10. april 1995, når de opfylder de objektive kriterier, som disse begreber er baseret på, uanset hensigten hos en anden erhvervsdrivende end den pågældende afgiftspligtige person, som har medvirket i samme leveringskæde, og/eller den eventuelle svigagtige karakter af en anden transaktion, som indgik i samme kæde og fandt sted før eller efter den afgiftspligtiges transaktion, og som denne ikke havde og ikke kunne have kendskab til. Retten for en afgiftspligtig person, som foretager sådanne transaktioner, til at fradrage den betalte indgående merværdiafgift, kan ikke berøres af, at der i den leveringskæde, som disse transaktioner indgår i, uden at den afgiftspligtige ved eller kan vide det, findes en anden transaktion, som ligger før eller efter den afgiftspligtiges egen transaktion, og som er behæftet med momssvig."

Omkostningsfordeling mellen aktionærerEt holdingselskab havde i SKM2007.125.VLR ikke fradragsret for momsen af visse udgifter til rådgivere i forbindelse med selskabets stiftelse og dets køb af en række datterselskaber, fordi de pågældende udgifter var afholdt af tredjemand (en aktionær i holdingselskabet) og ikke af holdingselskabet selv. Der var ganske vist fremlagt kopi af faktura fra selskabet til en hovedaktionær vedrørende beløbet. Af fakturaen fremgik, at omkostningerne vedrørte etableringen af selskabet. Efter bevisførelsen blev det imidlertid lagt til grund, at hovedaktionærens betaling til holdingselskabet skete som led i en aftalt omkostningsfordeling mellem aktionærerne i holdingselskabet og ikke som betaling for en leverance fra holdingselskabet til hovedaktionæren.